NBDC Research ID: hum0328.v1
研究内容の概要
目的: 日本人進行前立腺がん患者における生殖細胞系列でのDNA修復関連遺伝子異常の頻度について調べる
方法: 診断時に転移を有する、もしくは、治療中に去勢抵抗性を獲得した前立腺がん患者の血球DNAを収集した。これらの検体について27遺伝子の全エクソン領域を対象としたmultiple PCR-based target sequencingを実施した。
対象: 診断時に転移を有する、もしくは治療中に去勢抵抗性を獲得した前立腺がん患者の内、データ公開について同意を受けている129症例
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
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JGAS000509 | NGS(Target Capture) | 制限公開(Type I) | 2023/05/11 |
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分子データ
対象 | 前立腺がん(ICD10:C61):129症例 |
規模 | Target Capture |
対象領域(Target Captureの場合) | DNA修復に関わる27遺伝子(APC, ATM, BARD1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, EPCAM, HOXB13, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, SMAD4, STK11, TP53) |
Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) |
multiplex PCR(対象遺伝子領域の抽出):2x Platinum Multiplex PCR Master Mix 2nd PCR(バーコード配列およびアダプター配列の付加):KAPA HiFi DNA Polymerase |
断片化の方法 | - |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 150 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000627 |
総データ量 | 7.3 GB(fasq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 赤松 秀輔
所 属 機 関: 京都大学大学院医学研究科 泌尿器科学講座
プロジェクト/研究グループ名: -
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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科学研究費助成事業 基盤研究(B) | 血中遊離DNA解析を応用した前立腺癌のDNA修復遺伝子異常の生物学的特性の解明 | 20H03814 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | Prognostic significance of pathogenic variants in BRCA1, BRCA2, ATM and PALB2 genes in men undergoing hormonal therapy for advanced prostate cancer | doi: 10.1038/s41416-022-01915-2 | JGAD000627 |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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