NBDC Research ID: hum0328.v1

 

研究内容の概要

目的: 日本人進行前立腺がん患者における生殖細胞系列でのDNA修復関連遺伝子異常の頻度について調べる

方法: 診断時に転移を有する、もしくは、治療中に去勢抵抗性を獲得した前立腺がん患者の血球DNAを収集した。これらの検体について27遺伝子の全エクソン領域を対象としたmultiple PCR-based target sequencingを実施した。

対象: 診断時に転移を有する、もしくは治療中に去勢抵抗性を獲得した前立腺がん患者の内、データ公開について同意を受けている129症例

 

データID内容制限公開日
JGAS000509 NGS(Target Capture) 制限公開(Type I) 2023/05/11

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分子データ

JGAS000509

対象 前立腺がん(ICD10:C61):129症例
規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) DNA修復に関わる27遺伝子(APC, ATM, BARD1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, EPCAM, HOXB13, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, SMAD4, STK11, TP53
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 末梢血から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

multiplex PCR(対象遺伝子領域の抽出):2x Platinum Multiplex PCR Master Mix

2nd PCR(バーコード配列およびアダプター配列の付加):KAPA HiFi DNA Polymerase

断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000627
総データ量 7.3 GB(fasq)
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提供者情報

研究代表者: 赤松 秀輔

所 属 機 関: 京都大学大学院医学研究科 泌尿器科学講座

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 血中遊離DNA解析を応用した前立腺癌のDNA修復遺伝子異常の生物学的特性の解明 20H03814

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Prognostic significance of pathogenic variants in BRCA1, BRCA2, ATM and PALB2 genes in men undergoing hormonal therapy for advanced prostate cancer doi: 10.1038/s41416-022-01915-2 JGAD000627
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間