NBDC Research ID: hum0328.v1
研究内容の概要
目的： 日本人進行前立腺がん患者における生殖細胞系列でのDNA修復関連遺伝子異常の頻度について調べる
方法： 診断時に転移を有する、もしくは、治療中に去勢抵抗性を獲得した前立腺がん患者の血球DNAを収集した。これらの検体について27遺伝子の全エクソン領域を対象としたmultiple PCR-based target sequencingを実施した。
対象： 診断時に転移を有する、もしくは治療中に去勢抵抗性を獲得した前立腺がん患者の内、データ公開について同意を受けている129症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000509 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2023/05/11 |
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分子データ
| 対象 | 前立腺がん（ICD10：C61）：129症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | DNA修復に関わる27遺伝子（APC, ATM, BARD1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, EPCAM, HOXB13, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, SMAD4, STK11, TP53） |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
multiplex PCR（対象遺伝子領域の抽出）：2x Platinum Multiplex PCR Master Mix 2nd PCR（バーコード配列およびアダプター配列の付加）：KAPA HiFi DNA Polymerase |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000627 |
| 総データ量 | 7.3 GB（fasq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 赤松 秀輔
所 属 機 関： 京都大学大学院医学研究科 泌尿器科学講座
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 血中遊離DNA解析を応用した前立腺癌のDNA修復遺伝子異常の生物学的特性の解明 | 20H03814 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Prognostic significance of pathogenic variants in BRCA1, BRCA2, ATM and PALB2 genes in men undergoing hormonal therapy for advanced prostate cancer | doi: 10.1038/s41416-022-01915-2 | JGAD000627 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
