NBDC Research ID: hum0323.v1

 

研究内容の概要

目的: 血液検査によって迅速かつ低侵襲で高精度に大腸がんの早期発見が可能なマーカーや、予後や悪性度を判定可能なマーカー等を新規に探索すること、ならびに、治療法への応用を目指したがん患者特異的遺伝子・蛋白質情報を取得すること。

方法: 大腸がん手術摘出検体の腫瘍組織より抽出したRNAを用いたCAGE法

対象: 大腸がん症例

 

データID内容制限公開日
JGAS000489 NGS(CAGE-seq) 制限公開(Type I) 2022/01/24

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分子データ

JGAS000489

対象 大腸がん(ICD10:C18.9):45症例
規模 CAGE-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 手術摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) CAGE assay(※論文Method参照
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 47 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000606
総データ量 19.2 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※CAGE assayの参照論文

1) Detecting expressed genes using CAGE. Methods Mol Biol. 2014; 1164:67–85. (doi: 10.1007/978-1-4939-0805-9_7)

 

提供者情報

研究代表者: 向後 泰司

所 属 機 関: 理化学研究所 科技ハブ産連本部

プロジェクト/研究グループ名: 大腸癌の診断マーカーの探索研究(順天堂大学 坂本 一博, 杉本 起一、理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 林崎 良英)

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
理化学研究所 オミックス基盤研究領域 運営費交付金 - -
理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 運営費交付金 - -

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関研究題目利用データID利用期間