NBDC Research ID: hum0323.v1
研究内容の概要
目的： 血液検査によって迅速かつ低侵襲で高精度に大腸がんの早期発見が可能なマーカーや、予後や悪性度を判定可能なマーカー等を新規に探索すること、ならびに、治療法への応用を目指したがん患者特異的遺伝子・蛋白質情報を取得すること。
方法： 大腸がん手術摘出検体の腫瘍組織より抽出したRNAを用いたCAGE法
対象： 大腸がん症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000489 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/01/24 |
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分子データ
| 対象 | 大腸がん（ICD10：C18.9）：45症例 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 手術摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | CAGE assay（※論文Method参照） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000606 |
| 総データ量 | 19.2 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
1) Detecting expressed genes using CAGE. Methods Mol Biol. 2014; 1164:67–85. (doi: 10.1007/978-1-4939-0805-9_7)
提供者情報
研究代表者： 向後 泰司
所 属 機 関： 理化学研究所 科技ハブ産連本部
プロジェクト/研究グループ名： 大腸癌の診断マーカーの探索研究（順天堂大学 坂本 一博, 杉本 起一、理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 林崎 良英）
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 理化学研究所 オミックス基盤研究領域 運営費交付金 | - | - |
| 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 運営費交付金 | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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