NBDC Research ID: hum0299.v1

研究内容の概要

目的： ナノポアシークエンサーPromethIONの新たなプラットフォームQ20を用いた全ゲノムシークエンスによるハプロタイプフェージング解析の精度への影響を調べる

方法： ナノポアシークエンサーPromethIONの新たなプラットフォームQ20を用いた全ゲノムシークエンス

対象： 健常白人由来B細胞株HG002（NA24385）

URL： https://www.k.u-tokyo.ac.jp/information/category/press/9567.html

データID	内容	制限	公開日
DRA012759	NGS（WGS）	非制限公開	2022/09/15

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分子データ


対象	健常白人由来B細胞株HG002 (NA24385) :1検体
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Nanopore [PromethION]
ライブラリソース	B細胞株 HG002(NA24835) から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	HG002（NA24385, Coriell Institute）
ライブラリ作製方法（キット名）	SQK-Q20EA
断片化の方法	-
ライブラリ構築方法	Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	11,990 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID	DRA012759
総データ量	5.7 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 鈴木穣

所属機関： 東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻生命システム観測分野

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業新学術領域研究	上皮内肺がん等の全ゲノムシークエンス解析による新規ドライバー遺伝子の同定	20H00545
科学研究費助成事業新学術領域研究	ロングリードによる肺がんゲノム構造変異とDNAメチル化状態の統合解明	21J13203
科学研究費助成事業新学術領域研究	先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム	16H06279
日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）	ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究	JP21cm0106582
日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）	受動喫煙により惹起される肺がんゲノム変異の多様性の理解と治療方針の策定	JP21cm0106577

	タイトル	DOI	データID
1	Phasing analysis of lung cancer genomes using a long read sequencer	doi: 10.1038/s41467-022-31133-6	DRA012759
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