NBDC Research ID: hum0299.v1
研究内容の概要
目的： ナノポアシークエンサーPromethIONの新たなプラットフォームQ20を用いた全ゲノムシークエンスによるハプロタイプフェージング解析の精度への影響を調べる
方法： ナノポアシークエンサーPromethIONの新たなプラットフォームQ20を用いた全ゲノムシークエンス
対象： 健常白人由来B細胞株HG002（NA24385）
URL： https://www.k.u-tokyo.ac.jp/information/category/press/9567.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA012759 | NGS（WGS） | 非制限公開 | 2022/09/15 |
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分子データ
| 対象 | 健常白人由来B細胞株HG002 (NA24385) :1検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | B細胞株 HG002(NA24835) から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | HG002（NA24385, Coriell Institute） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SQK-Q20EA |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 11,990 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA012759 |
| 総データ量 | 5.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 鈴木 穣
所 属 機 関： 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 生命システム観測分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 上皮内肺がん等の全ゲノムシークエンス解析による新規ドライバー遺伝子の同定 | 20H00545 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | ロングリードによる肺がんゲノム構造変異とDNAメチル化状態の統合解明 | 21J13203 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究 | JP21cm0106582 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 受動喫煙により惹起される肺がんゲノム変異の多様性の理解と治療方針の策定 | JP21cm0106577 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Phasing analysis of lung cancer genomes using a long read sequencer | doi: 10.1038/s41467-022-31133-6 | DRA012759 |
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