NBDC Research ID: hum0293.v1

 

研究内容の概要

目的： 造血器腫瘍の分子病態・治療感受性を規定する遺伝学的因子の探索

方法： 1. 成人T細胞性白血病リンパ腫（adult T-cell leukemia/lymphoma：ATL）症例の末梢血より腫瘍細胞を含む単核球を分離後、抽出したDNAを用いたwhole genome sequencing解析

            2. ATL細胞株（TL-om1細胞）に対して遺伝子改変操作を行った後、抽出したDNAを用いたwhole genome sequencing解析

対象： ATL症例、ならびに、遺伝子改変操作を行ったATL細胞株

 

データID内容制限公開日
JGAS000320 NGS（WGS） 制限公開（Type I） 2022/07/25

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分子データ

JGAS000320
対象

ATL（ICD10：C91.5）：7症例

ATL細胞株（TL-om1細胞株）：1検体

12種の遺伝子改変操作を実施
規模 WGS
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform

Illumina [HiSeqX10]

BGI [BGISEQ-500]
ライブラリソース 末梢血より分離した腫瘍細胞を含む単核球および遺伝子改変操作を行ったATL細胞株より抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） BGI's standard protocol に準拠
断片化の方法 BGI's standard protocol に準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000431
総データ量 1.1 TB（fastq）
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提供者情報

研究代表者： 三田 貴臣

所 属 機 関： 名古屋市立大学医学部 血液腫瘍内科学／シンガポール国立大学 癌科学研究所

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金（帰国発展研究） エンハンサープロファイリングによる造血器腫瘍の分子病態理解と治療法の開発 18K19960

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間