NBDC Research ID: hum0289.v1
研究内容の概要
目的: 次世代シーケンサーなどを使用した網羅的な解析を行うことで、慢性骨髄単球性白血病(CMML)症例における同種造血幹細胞移植後再発メカニズムの同定を行う。
方法: 移植時および再発時の末梢血サンプルより分離した腫瘍由来のCD14+/CD16-単球から抽出したDNA/RNAを用いたRNAシークエンス、エクソンシークエンス、メチル化アレイ解析
対象: 慢性骨髄単球性白血病(CMML)1症例、同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血サンプル(1症例2サンプル)
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
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JGAS000317 | 制限公開(Type I) | 2022/09/09 |
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分子データ
対象 |
慢性骨髄単球性白血病(CMML)(ICD10:C93.1):1症例 同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血:各1検体 |
規模 | RNA-seq |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
ライブラリソース | 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したRNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | SMART-seq Stranded kit |
断片化の方法 | SMART-seq Stranded kit |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 150 bp |
クオリティコントロール方法 |
NovaSeq Control Software v1.6.0 Real Time Analysis (RTA) v3.4.4 bcl2fastq2 v2.20 |
マッピング方法 |
Genedata Profiler Genome 13.0.11 STAR 2.6.0c |
平均カバー率(Depth) | 76.3-84.1% |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000428 |
総データ量 | 23.9 GB(bam [ref:hg19]) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
慢性骨髄単球性白血病(CMML)(ICD10:C93.1):1症例 同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血:各1検体 |
規模 | Exome |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
ライブラリソース | 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | SureSelectXT Reagent kit、SureSelectXT Human All Exon kit V6 (Agilent Technology) |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 150 bp |
クオリティコントロール方法 |
NovaSeq Control Software v1.6.0 Real Time Analysis (RTA) v3.4.4 bcl2fastq2 v2.20 |
マッピング方法 |
DRAGEN Bio-IT Platform 3.5.7 SnpEff v4.2 VCFtools 0.1.9 |
平均カバー率(Depth) | >99% |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000428 |
総データ量 | 23.9 GB(bam [ref:hg19]) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
慢性骨髄単球性白血病(CMML)(ICD10:C93.1):1症例 同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血:各1検体 |
規模 | メチル化アレイ |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [Infinium MethylationEPIC BeadChip] |
ソース | 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
調整試薬(キット名、バージョン) | Infinium MethylationEPIC BeadChip |
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) |
iScan システム 309171 Rev B iScan Control Software 3.4.8 |
フィルタリング |
GenomeStudio Software V2011.1 Methylation Module 1.9.0 |
マイクロアレイ標準化方法 |
GenomeStudio Software V2011.1 Methylation Module 1.9.0 |
プローブ数 | 85万プローブ (Infinium MethylationEPIC BeadChip) |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000428 |
総データ量 | 23.9 GB(bpm) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 赤星 佑
所 属 機 関: 自治医科大学附属さいたま医療センター 血液科
プロジェクト/研究グループ名: -
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | Emergence of clone with PHF6 nonsense mutation in chronic myelomonocytic leukemia at relapse after allogeneic HCT | doi: 10.1007/s12185-021-03284-7 | JGAD000428 |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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