NBDC Research ID: hum0289.v1

 

研究内容の概要

目的: 次世代シーケンサーなどを使用した網羅的な解析を行うことで、慢性骨髄単球性白血病(CMML)症例における同種造血幹細胞移植後再発メカニズムの同定を行う。

方法: 移植時および再発時の末梢血サンプルより分離した腫瘍由来のCD14+/CD16-単球から抽出したDNA/RNAを用いたRNAシークエンス、エクソンシークエンス、メチル化アレイ解析

対象: 慢性骨髄単球性白血病(CMML)1症例、同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血サンプル(1症例2サンプル)

 

データID内容制限公開日
JGAS000317

NGS(RNA-seq)

NGS(Exome)

メチル化アレイ

制限公開(Type I) 2022/09/09

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分子データ

RNA-seq

対象

慢性骨髄単球性白血病(CMML)(ICD10:C93.1):1症例

    同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血:各1検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-seq Stranded kit
断片化の方法 SMART-seq Stranded kit
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
クオリティコントロール方法

NovaSeq Control Software v1.6.0

Real Time Analysis (RTA) v3.4.4

bcl2fastq2 v2.20

マッピング方法

Genedata Profiler Genome 13.0.11

STAR 2.6.0c

平均カバー率(Depth) 76.3-84.1%
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000428
総データ量 23.9 GB(bam [ref:hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Exome

対象

慢性骨髄単球性白血病(CMML)(ICD10:C93.1):1症例

    同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血:各1検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelectXT Reagent kit、SureSelectXT Human All Exon kit V6 (Agilent Technology)
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
クオリティコントロール方法

NovaSeq Control Software v1.6.0

Real Time Analysis (RTA) v3.4.4

bcl2fastq2 v2.20

マッピング方法

DRAGEN Bio-IT Platform 3.5.7

SnpEff v4.2

VCFtools 0.1.9

平均カバー率(Depth) >99%
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000428
総データ量 23.9 GB(bam [ref:hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

メチル化アレイ

対象

慢性骨髄単球性白血病(CMML)(ICD10:C93.1):1症例

    同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血:各1検体

規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium MethylationEPIC BeadChip]
ソース 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Infinium MethylationEPIC BeadChip
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア)

iScan システム 309171 Rev B

iScan Control Software 3.4.8

フィルタリング

GenomeStudio Software V2011.1

Methylation Module 1.9.0

マイクロアレイ標準化方法

GenomeStudio Software V2011.1

Methylation Module 1.9.0

プローブ数 85万プローブ (Infinium MethylationEPIC BeadChip)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000428
総データ量 23.9 GB(bpm)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 赤星 佑

所 属 機 関: 自治医科大学附属さいたま医療センター 血液科

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
- - -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Emergence of clone with PHF6 nonsense mutation in chronic myelomonocytic leukemia at relapse after allogeneic HCT doi: 10.1007/s12185-021-03284-7 JGAD000428
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間