NBDC Research ID: hum0289.v1
研究内容の概要
目的： 次世代シーケンサーなどを使用した網羅的な解析を行うことで、慢性骨髄単球性白血病（CMML）症例における同種造血幹細胞移植後再発メカニズムの同定を行う。
方法： 移植時および再発時の末梢血サンプルより分離した腫瘍由来のCD14+/CD16-単球から抽出したDNA/RNAを用いたRNAシークエンス、エクソンシークエンス、メチル化アレイ解析
対象： 慢性骨髄単球性白血病（CMML）1症例、同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血サンプル（1症例2サンプル）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000317 | 制限公開（Type I） | 2022/09/09 |
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分子データ
| 対象 |
慢性骨髄単球性白血病（CMML）（ICD10：C93.1）：1症例 同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血：各1検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-seq Stranded kit |
| 断片化の方法 | SMART-seq Stranded kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| クオリティコントロール方法 |
NovaSeq Control Software v1.6.0 Real Time Analysis (RTA) v3.4.4 bcl2fastq2 v2.20 |
| マッピング方法 |
Genedata Profiler Genome 13.0.11 STAR 2.6.0c |
| 平均カバー率（Depth） | 76.3-84.1% |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000428 |
| 総データ量 | 23.9 GB（bam [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
慢性骨髄単球性白血病（CMML）（ICD10：C93.1）：1症例 同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血：各1検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelectXT Reagent kit、SureSelectXT Human All Exon kit V6 （Agilent Technology） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| クオリティコントロール方法 |
NovaSeq Control Software v1.6.0 Real Time Analysis (RTA) v3.4.4 bcl2fastq2 v2.20 |
| マッピング方法 |
DRAGEN Bio-IT Platform 3.5.7 SnpEff v4.2 VCFtools 0.1.9 |
| 平均カバー率（Depth） | >99% |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000428 |
| 総データ量 | 23.9 GB（bam [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
慢性骨髄単球性白血病（CMML）（ICD10：C93.1）：1症例 同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血：各1検体 |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium MethylationEPIC BeadChip] |
| ソース | 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Infinium MethylationEPIC BeadChip |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） |
iScan システム 309171 Rev B iScan Control Software 3.4.8 |
| フィルタリング |
GenomeStudio Software V2011.1 Methylation Module 1.9.0 |
| マイクロアレイ標準化方法 |
GenomeStudio Software V2011.1 Methylation Module 1.9.0 |
| プローブ数 | 85万プローブ （Infinium MethylationEPIC BeadChip） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000428 |
| 総データ量 | 23.9 GB（bpm） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 赤星 佑
所 属 機 関： 自治医科大学附属さいたま医療センター 血液科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| - | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Emergence of clone with PHF6 nonsense mutation in chronic myelomonocytic leukemia at relapse after allogeneic HCT | doi: 10.1007/s12185-021-03284-7 | JGAD000428 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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