NBDC Research ID: hum0278.v1

研究内容の概要

目的： 乳がん幹細胞のゲノム解析およびシングルセル解析を用いた乳がんにおける不均一変異の解明

方法： 乳がん症例の腫瘍組織や、当該腫瘍組織を免疫不全マウスに移植したPatient-derived xenograft（PDX）モデルにおいて増殖した腫瘍組織からDNA/RNAを抽出し、whole exome sequencing（Exome）/ RNA-seq解析を実施

対象： 乳がん 5症例（scRNA-seq：4症例11検体、Exome：5症例12検体）

URL： http://bunshibyotai.w3.kanazawa-u.ac.jp

データID	内容	制限	公開日
JGAS000304	NGS（Exome）	制限公開（Type I）	2022/07/07
JGAS000305	NGS（scRNA-seq）	制限公開（Type I）	2022/07/07

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分子データ


対象	乳がん（ICD10：C509）：5症例腫瘍組織：12検体（乳がん幹細胞、乳がん非幹細胞）
規模	Exome
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [Hiseq 3000/NovaSeq 6000]
ライブラリソース	乳がん幹細胞マーカーにより分画した乳がん幹細胞および乳がん非幹細胞のそれぞれから抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelect XT HS V5 （Agilent Technologies）
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	200bp（100PE）：HiSeq 300bp（150PE）：NovaSeq
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000415
総データ量	198.7 GB （fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	乳がん（ICD10：C509）：4症例腫瘍組織：11検体（乳がん幹細胞）
規模	scRNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [Hiseq 3000]
ライブラリソース	乳がん幹細胞マーカーにより分画した乳がん幹細胞から１細胞ごとに抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Nextera XT DNA Sample Preparation Kit （Illumina）
断片化の方法	Tagmentation （Nextera XT DNA Sample Preparation Kit）
ライブラリ構築方法	Single-end／Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	50bp （50SR）／200bp （100PE）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000416
総データ量	332.7 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 後藤典子

所属機関： 金沢大学がん進展制御研究所分子病態研究分野

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業新学術領域研究	先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム	16H06279

	タイトル	DOI	データID
1	Addiction to the IGF2-ID1-IGF2 circuit for maintenance of the breast cancer stem-like cells.	doi: 10.1038/onc.2016.293	-
2	Semaphorin signaling via MICAL3 induces symmetric cell division to expand breast cancer stem-like cells.	doi: 10.1073/pnas.1806851116	-

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間