NBDC Research ID: hum0278.v1
研究内容の概要
目的： 乳がん幹細胞のゲノム解析およびシングルセル解析を用いた乳がんにおける不均一変異の解明
方法： 乳がん症例の腫瘍組織や、当該腫瘍組織を免疫不全マウスに移植したPatient-derived xenograft（PDX）モデルにおいて増殖した腫瘍組織からDNA/RNAを抽出し、whole exome sequencing（Exome）/ RNA-seq解析を実施
対象： 乳がん 5症例（scRNA-seq：4症例11検体、Exome：5症例12検体）
URL： http://bunshibyotai.w3.kanazawa-u.ac.jp
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000304 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2022/07/07 |
| JGAS000305 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/07/07 |
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分子データ
| 対象 |
乳がん（ICD10：C509）：5症例 腫瘍組織：12検体 （乳がん幹細胞、乳がん非幹細胞） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Hiseq 3000/NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 乳がん幹細胞マーカーにより分画した乳がん幹細胞および乳がん非幹細胞のそれぞれから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT HS V5 （Agilent Technologies） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
200bp（100PE）：HiSeq 300bp（150PE）：NovaSeq |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000415 |
| 総データ量 | 198.7 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
乳がん（ICD10：C509）：4症例 腫瘍組織：11検体 （乳がん幹細胞） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Hiseq 3000] |
| ライブラリソース | 乳がん幹細胞マーカーにより分画した乳がん幹細胞から１細胞ごとに抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nextera XT DNA Sample Preparation Kit （Illumina） |
| 断片化の方法 | Tagmentation （Nextera XT DNA Sample Preparation Kit） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end／Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50bp （50SR）／200bp （100PE） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000416 |
| 総データ量 | 332.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 後藤 典子
所 属 機 関： 金沢大学がん進展制御研究所 分子病態研究分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Addiction to the IGF2-ID1-IGF2 circuit for maintenance of the breast cancer stem-like cells. | doi: 10.1038/onc.2016.293 | - |
| 2 | Semaphorin signaling via MICAL3 induces symmetric cell division to expand breast cancer stem-like cells. | doi: 10.1073/pnas.1806851116 | - |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
