NBDC Research ID: hum0270.v1
研究内容の概要
目的： 小児骨肉腫に特徴的なゲノム異常の同定
方法： 腫瘍及び正常組織から抽出したゲノムDNAを用いたcomprehensive cancer panelによるターゲットエクソンシークエンス解析（Ion Torrent Proton）
対象： 小児骨肉腫患者16症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000282 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2022/05/19 |
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分子データ
| 対象 | 小児骨肉腫（ICD10：C41.9）：16症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 409遺伝子（Ion Ampliseq Comprehensive Cancer Panel） |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Torrent Proton] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織（もしくは末梢血）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均155 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000388 |
| 総データ量 | 131.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 米本 司
所 属 機 関： 千葉県がんセンター 整形外科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | 分子プロファイルに基づく骨肉腫の薬剤感受性マーカーの探索 | 23791673 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 網羅的遺伝子発現解析による骨肉腫患者の抗がん剤感受性および肺転移規定因子 の解析 | 19591742 |
| 厚生労働科学研究費補助金（第3次対がん総合戦略研究事業） | ゲノム・遺伝子発現情報からみた小児がんの臨床的特性の解明と治療への応用 | H22-3 次がん-一 般-011 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | CDK4 overexpression is a predictive biomarker for resistance to conventional chemotherapy in patients with osteosarcoma | doi: 10.3892/or.2021.8086 | JGAD000388 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
