NBDC Research ID: hum0240.v1

 

研究内容の概要

目的: 中枢神経原発悪性リンパ腫の診断マーカーならびに治療標的の探索研究

方法: 原発腫瘍組織と末梢血から抽出したgenomic DNAを用いたTarget Capture Sequencing解析

対象: 中枢神経原発悪性リンパ腫

 

データID内容制限公開日
JGAS000258 NGS(Target Capture) 制限公開(Type I) 2020/10/30

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分子データ

JGAS000258

対象 中枢神経原発悪性リンパ腫(ICD10:C859):28症例
規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) 409遺伝子(Ion Ampliseq Comprehensive Cancer Panel
Platform Thermo Fisher Scientific [Ion Torrent]
ライブラリソース 原発腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
断片化の方法 FuPa Reagent(Thermo Fisher Scientific)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000361
総データ量 26 GB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 山中 龍也

所 属 機 関: 京都府立医科大学 腫瘍分子標的治療学

プロジェクト/研究グループ名: Genome-wide analysis in patients with primary central nervous system lymphomas.

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 脳リンパ腫のゲノム解析成果を基盤とした分子標的創薬・バイオマーカー研究 16H05441
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 脳悪性リンパ腫の全エクソンシーケンスを応用したゲノム創薬・バイオマーカー研究 24390347

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Target amplicon exome-sequencing identifies promising diagnosis and prognostic markers involved in RTK-RAS and PI3K-AKT signaling as central oncopathways in primary central nervous system lymphoma doi: 10.18632/oncotarget.25463 JGAD000361
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間