NBDC Research ID: hum0240.v1
研究内容の概要
目的: 中枢神経原発悪性リンパ腫の診断マーカーならびに治療標的の探索研究
方法: 原発腫瘍組織と末梢血から抽出したgenomic DNAを用いたTarget Capture Sequencing解析
対象: 中枢神経原発悪性リンパ腫
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
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JGAS000258 | NGS(Target Capture) | 制限公開(Type I) | 2020/10/30 |
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分子データ
対象 | 中枢神経原発悪性リンパ腫(ICD10:C859):28症例 |
規模 | Target Capture |
対象領域(Target Captureの場合) | 409遺伝子(Ion Ampliseq Comprehensive Cancer Panel) |
Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Torrent] |
ライブラリソース | 原発腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 |
断片化の方法 | FuPa Reagent(Thermo Fisher Scientific) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 100 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000361 |
総データ量 | 26 GB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 山中 龍也
所 属 機 関: 京都府立医科大学 腫瘍分子標的治療学
プロジェクト/研究グループ名: Genome-wide analysis in patients with primary central nervous system lymphomas.
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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科学研究費助成事業 基盤研究(B) | 脳リンパ腫のゲノム解析成果を基盤とした分子標的創薬・バイオマーカー研究 | 16H05441 |
科学研究費助成事業 基盤研究(B) | 脳悪性リンパ腫の全エクソンシーケンスを応用したゲノム創薬・バイオマーカー研究 | 24390347 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | Target amplicon exome-sequencing identifies promising diagnosis and prognostic markers involved in RTK-RAS and PI3K-AKT signaling as central oncopathways in primary central nervous system lymphoma | doi: 10.18632/oncotarget.25463 | JGAD000361 |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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