NBDC Research ID: hum0223.v1
研究内容の概要
目的： 血液がん患者の初発時及び再発時の検体を用いて特定の遺伝子の変異解析を行い、病状進行度のサロゲートマーカーになるかどうかを検討する。
方法： 初発時および再発時における骨髄検査検体の骨髄腫細胞より抽出したDNAを用いた126遺伝子のTarget Capture Sequencing解析
対象： 多発性骨髄腫
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000232 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/09/01 |
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分子データ
| 対象 |
多発性骨髄腫（ICD10：C90.0）：7症例 初発時、再発時の骨髄穿刺吸引検体（骨髄腫細胞）：計30検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 126遺伝子 |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース | 骨髄腫細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion Ampliseq Designer™ |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 3-1754 bp |
| QC/Filtering方法 | TaqMan® Assay |
| 重複するリードの除去 | - |
| マッピング方法 | TMAP |
| リファレンス配列 | hg19 |
| 平均カバー率（Depth） | 2815 |
| 変異検出方法 | Variant Caller |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000326 |
| 総データ量 | 87 GB（vcf） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 照井 康仁
所 属 機 関： がん研有明病院 血液腫瘍科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | The clonal evolution during long-term clinical course of multiple myeloma | doi: 10.1007/s12185-020-02979-7 | JGAD000326 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
