NBDC Research ID: hum0221.v1

 

研究内容の概要

目的： 遺伝子発現解析

方法： iPS細胞株より抽出したRNAを用いたRNA-seq解析

対象： ファブリー病（小児先天性代謝異常）２症例より樹立したiPS細胞３株

 

データID内容制限公開日
JGAS000225 NGS（RNA-seq） 制限公開（Type I） 2023/07/28

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分子データ

JGAS000225
対象 ファブリー病（ICD10：E752）2症例より樹立したiPS細胞株：3細胞株
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 末梢血より樹立したiPS細胞から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
断片化の方法 上記キットに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 101 bp
マッピング方法 STAR（version 2.7.1a）
リファレンス配列 GRCh38
発現量算出方法（ソフトウェア等） RSEM（version 1.2.31）、アノーテーション：Ensembl ver. 98
総リード数 / ユニークにマップされたリード数 Total reads: 35447368.83（mean） / Uniquely mapped reads: 33238808.83（mean）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000316
総データ量 14 GB（fastq、txt [Transcripts Per Million]）
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提供者情報

研究代表者： 粟屋 智就

所 属 機 関： 京都大学大学院 医学研究科 形態形成機構学研究室

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム創薬基盤推進研究事業 スプライシング操作化合物を対象としたファーマコゲノミクス解析に基づく遺伝性難病治療薬の開発研究 JP18kk0305003

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関研究題目利用データID利用期間