NBDC Research ID: hum0221.v1
研究内容の概要
目的： 遺伝子発現解析
方法： iPS細胞株より抽出したRNAを用いたRNA-seq解析
対象： ファブリー病（小児先天性代謝異常）２症例より樹立したiPS細胞３株
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000225 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/07/28 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 | ファブリー病（ICD10：E752）2症例より樹立したiPS細胞株：3細胞株 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血より樹立したiPS細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| マッピング方法 | STAR（version 2.7.1a） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| 発現量算出方法（ソフトウェア等） | RSEM（version 1.2.31）、アノーテーション：Ensembl ver. 98 |
| 総リード数 / ユニークにマップされたリード数 | Total reads: 35447368.83（mean） / Uniquely mapped reads: 33238808.83（mean） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000316 |
| 総データ量 | 14 GB（fastq、txt [Transcripts Per Million]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 粟屋 智就
所 属 機 関： 京都大学大学院 医学研究科 形態形成機構学研究室
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム創薬基盤推進研究事業 | スプライシング操作化合物を対象としたファーマコゲノミクス解析に基づく遺伝性難病治療薬の開発研究 | JP18kk0305003 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | |||
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
