NBDC Research ID: hum0203.v1
研究内容の概要
目的： 網羅的ゲノム解析により日本人多発性骨髄腫のゲノムプロファイルを明らかにする
方法： Targeted capture sequencing
対象： 日本人多発性骨髄腫154症例（原発巣154検体、再発巣6検体、正常末梢血単核球23検体：計183検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000206 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/06/01 |
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分子データ
| 対象 |
多発性骨髄腫（ICD10：C900）：154症例 原発巣：154検体 再発巣：6検体 末梢血単核球細胞：23検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 340遺伝子＋免疫グロブリン再構成領域（IGH, IGK, IGL） |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 骨髄穿刺にて採取した骨髄液をCD138にてソートした凍結骨髄細胞および末梢血単核球細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect custom kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris ME220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100-200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000291 |
| 総データ量 |
255 GB Data ファイル数：366（fastq） Analysis ファイル数：1（vcf [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 堀部 敬三
所 属 機 関： 名古屋医療センター・臨床研究センター
プロジェクト/研究グループ名： 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業
URL： https://www.amed.go.jp/program/list/14/01/006.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 | がん領域における臨床ゲノム情報データストレージの整備に関する研究 | JP16kk0205005 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genomic analysis of multiple myeloma using targeted capture sequencing in the Japanese cohort | doi: 10.1111/bjh.16720 | JGAD000291 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
