NBDC Research ID: hum0199.v1
研究内容の概要
目的： 前立腺がんの発生、進行、治療耐性化における腫瘍組織内の遺伝子発現変化を明らかにする
方法： 前立腺がんの腫瘍組織もしくは非腫瘍組織より抽出したtotal RNAを用いた次世代シークエンサーによるRNA-sequencing解析
対象： 手術の際に摘出した前立腺組織（腫瘍組織および非腫瘍組織）、治療耐性を獲得した症例の再発組織、転移組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000198 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/06/29 |
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分子データ
| 対象 |
前立腺がん（ICD10：C61）：25症例 原発巣の腫瘍組織＋非腫瘍組織：6症例 原発巣の腫瘍組織のみ：13症例 再発巣の腫瘍組織：4症例 再発かつ転移巣の腫瘍組織：2症例 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 手術で摘出した腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TrueSeq RNA library preparation |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000283 |
| 総データ量 | 48 GB（bam [ref: hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤村 哲也
所 属 機 関： 東京大学医学部附属病院 泌尿器科
プロジェクト/研究グループ名： 次世代シーケンサーを用いた泌尿器悪性腫瘍における治療標的分子の同定
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 前立腺癌のホルモン療法抵抗性獲得に至るエピゲノム調節機構の統合的解明と臨床応用 | 17H04334 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | エストロゲン・アンドロゲンシグナルによる転移性前立腺癌のプレシジョンメディシン | 18K09128 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | Genetic scoreを用いた前立腺癌治療の個別化 | 15K10576 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Identification of long non-coding RNAs in advanced prostate cancer associated with androgen receptor splicing factors | doi: 10.1038/s42003-020-01120-y | JGAD000283 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000283 | 2022/12/26-2025/03/31 |
