NBDC Research ID: hum0195.v1
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研究内容の概要
目的： 消化器がんの病態進展に関わる遺伝子異常を明らかにすること
方法： 全ゲノム解析、全エクソン解析およびトランスクリプトーム解析
対象： 結節内結節型肝がん5症例の腫瘍組織・非腫瘍組織・末梢血より単離したリンパ球
C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変症例、C型肝炎ウイルス陽性肝硬変/肝がん症例、および、C型肝炎ウイルス陰性肝がん症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000190 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2021/03/26 |
| JGAS000234 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/03/26 |
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分子データ
| 対象 |
結節内結節型肝がん（ICD10：C220）：5症例（計23検体） 腫瘍組織：14検体 非腫瘍組織：5検体 末梢血より単離したリンパ球：4検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織、非腫瘍組織および末梢血より単離したリンパ球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000273 |
| 総データ量 | 1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変（ICD10：K746、C220）：12症例 腫瘍組織：12検体 末梢血より単離したリンパ球：12検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および末梢血より単離したリンパ球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion AmpliSeq Exome RDY kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000331 |
| 総データ量 | 450 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変（ICD10：K746、C220）：20症例 非腫瘍組織：20検体 C型肝炎ウイルス陽性肝硬変かつ肝がん（ICD10：K746、C220）：3症例 腫瘍組織：8検体 非腫瘍組織：3検体 C型肝炎ウイルス陰性肝がん（ICD10：C220）：2症例 腫瘍組織：7検体 非腫瘍組織：2検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Sample Preparation v2 Guide, Part # 15026495 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000332 |
| 総データ量 | 450 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 髙井 淳
所 属 機 関： 京都大学大学院 医学研究科 消化器内科学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 全ゲノム解析とオルガノイド培養を用いた多段階肝発癌分子メカニズムの解明 | 19K08443 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肝硬変"再生結節"の細胞クローン動態と発癌機構の解明 | 17H04158 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multiregional whole-genome sequencing of hepatocellular carcinoma with nodule-in-nodule appearance reveals stepwise cancer evolution | doi: 10.1002/path.5533 | JGAD000273 |
| 2 | Oncogenic transcriptomic profile is sustained in the liver after the eradication of the hepatitis C virus | doi: 10.1093/carcin/bgab014 | JGAD000332 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
