NBDC Research ID: hum0195.v1

 

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研究内容の概要

目的: 消化器がんの病態進展に関わる遺伝子異常を明らかにすること

方法: 全ゲノム解析、全エクソン解析およびトランスクリプトーム解析

対象: 結節内結節型肝がん5症例の腫瘍組織・非腫瘍組織・末梢血より単離したリンパ球

            C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変症例、C型肝炎ウイルス陽性肝硬変/肝がん症例、および、C型肝炎ウイルス陰性肝がん症例

 

データID内容制限公開日
JGAS000190 NGS(WGS 制限公開(Type I) 2021/03/26
JGAS000234 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2021/03/26

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分子データ

JGAS000190(WGS)

対象

結節内結節型肝がん(ICD10:C220):5症例(計23検体)

      腫瘍組織:14検体

      非腫瘍組織:5検体

      末梢血より単離したリンパ球:4検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織、非腫瘍組織および末梢血より単離したリンパ球から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000273
総データ量 1 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS000234(Exome)

対象

C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変(ICD10:K746、C220):12症例

      腫瘍組織:12検体

      末梢血より単離したリンパ球:12検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Thermo Fisher Scientific [Ion Proton]
ライブラリソース 腫瘍組織および末梢血より単離したリンパ球から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Ion AmpliSeq Exome RDY kit
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000331
総データ量 450 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS000234(RNA-seq)

対象

C型肝炎ウイルス排除後に肝がんを発症した慢性肝炎/肝硬変(ICD10:K746、C220):20症例

      非腫瘍組織:20検体

C型肝炎ウイルス陽性肝硬変かつ肝がん(ICD10:K746、C220):3症例

      腫瘍組織:8検体

      非腫瘍組織:3検体

C型肝炎ウイルス陰性肝がん(ICD10:C220):2症例

      腫瘍組織:7検体

      非腫瘍組織:2検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 4000、NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq RNA Sample Preparation v2 Guide, Part # 15026495
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000332
総データ量 450 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 髙井 淳

所 属 機 関: 京都大学大学院 医学研究科 消化器内科学

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 全ゲノム解析とオルガノイド培養を用いた多段階肝発癌分子メカニズムの解明 19K08443
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 肝硬変"再生結節"の細胞クローン動態と発癌機構の解明 17H04158

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Multiregional whole-genome sequencing of hepatocellular carcinoma with nodule-in-nodule appearance reveals stepwise cancer evolution doi: 10.1002/path.5533 JGAD000273
2 Oncogenic transcriptomic profile is sustained in the liver after the eradication of the hepatitis C virus doi: 10.1093/carcin/bgab014 JGAD000332

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間