NBDC Research ID: hum0179.v1
研究内容の概要
目的： ロングリードデータにより、口腔内細菌叢・ファージ叢に関する理解がどれだけ深まるかを検討する
方法： 保存キット（OMNIgeneORAL OM-501）で保存された唾液から酵素法にて抽出したbulk DNAを用いたPromethION（１フローセルにつき１サンプル）によるショットガンメタゲノム解読
対象： 日本人集団の唾液
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000186 | メタゲノム | 制限公開（Type I） | 2020/04/03 |
| DRA009794 | メタゲノム（ヒト配列除去済み） | 非制限公開 | 2020/04/03 |
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分子データ
| 対象 | 健常者：4名 |
| 規模 | メタゲノム |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
１．Nanopore [PromethION] ２．Illumina [HiSeq] |
| ライブラリソース | 唾液より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
１．ligation sequencing kit（SQK-LSK109） ２．Nextera XT |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 |
１．Single-end ２．Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
１．可変, 平均13kb ２．300 bp |
| ヒト配列除去方法 | EDGE pipeline |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA009794 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000268 |
| 総データ量 |
１．473 GB（fastq、txt） ２．186 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 矢原 耕史
所 属 機 関： 国立感染症研究所・薬剤耐性研究センター
プロジェクト/研究グループ名： 新学術領域「ネオウイルス学」
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 拡張viromeデータと長鎖シーケンサーを用いたファージと宿主のビッグデータ解析 | 19H04846 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Long-read metagenomics using PromethION uncovers novel oral bacteriophages, their abundance, and interaction with host bacteria | doi: 10.1038/s41467-020-20199-9 | JGAS000186 DRA009794 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
