NBDC Research ID: hum0176.v1
研究内容の概要
目的： 子宮及び卵巣がん肉腫におけるドライバー変異の体系的探索
方法： Illumina HiSeq 2000を使用した Exome / Target Capture解析
対象： 子宮がん肉腫92症例、卵巣がん肉腫17症例の正常組織（非腫瘍組織）と原発巣の腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000172 | NGS（Exome、Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2019/10/02 |
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分子データ
| 対象 |
子宮がん肉腫（ICD10：C549）：1症例（2検体） 卵巣がん肉腫（ICD10：C56）：3症例（6検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V4 or V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000250 |
| 総データ量 | 646 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
子宮がん肉腫（ICD10：C549）：91症例（182検体） 卵巣がん肉腫（ICD10：C56）：14症例（28検体） |
| 規模 | Target Capture (CS-A, CS-B) |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
CS-A: 491 genes, 2.605 Mbps CS-B: 114 genes, 422.9 kbps |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT Custom |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000250 |
| 総データ量 | 646 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 森 誠一
所 属 機 関： がんプレシジョン医療研究センター
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： http://genomeportal.jfcr.or.jp
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 車両競技公益資金記念財団助成金 がんの基礎的、先駆的研究 助成事業 | 再発性および治療抵抗性卵巣がんに関与する変異遺伝子群の探索 | 5144, 5274, 5393 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 類内膜腺癌の個別化医療を目指したゲノムワイドな原因遺伝子・分子標的探索 | 26462543 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | １細胞発現解析による悪性腹水貯留の分子機序の解明 | 15K06861 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 子宮体癌時系列検体を用いた黄体ホルモン治療抵抗性・再発を規定する遺伝子変異の同定 | 17K11308 |
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | 全ゲノムシーケンス解析による癌肉腫の責任遺伝子同定 | 17K18337 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 子宮・卵巣癌肉腫の悪性度・予後に寄与するがん免疫微小環境の解析 | 18K07338 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 万代 昌紀 | 京都大学医学部医学研究科 婦人科学産科学教室 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者の尾ミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプト-ム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | JGAD000250 | 2020/03/13-2025/03/31 | |
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000250 | 2020/09/18-2023/03/31 | |
| 松村 謙臣 | 近畿大学医学部 産科婦人科学教室 | 日本 | JGOG3017-TR1：エクソームシークエンスデータを有する卵巣明細胞癌のRNAseq解析 | JGAD000250 | 2024/10/15-2027/12/31 |
| 山口 建 | 京都大学大学院医学研究科・医学部 婦人科学・産科学 | 日本 | JGOG3017-TR1：エクソームシークエンスデータを有する卵巣明細胞癌のRNAseq解析 | JGAD000250 | 2024/10/22-2027/12/31 |
