NBDC Research ID: hum0164.v1

 

研究内容の概要

目的： 日本人の日焼けについてのゲノムワイド関連解析

方法： ゲノムワイド関連解析

対象： 住民コホートに参加した9,187名の遺伝子型データと日焼けに関するアンケート情報

URL： https://www.megabank.tohoku.ac.jp/

URL： http://iwate-megabank.org/

 

データID内容制限公開日
JGAS000160 住民コホートに参加した9,187名の日焼けに関するGWAS 制限公開（Type I） 2018/12/14

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分子データ

JGAS000160
対象 住民コホートに参加した9,187名
規模 genome wide SNPs
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [Infinium OmniExpressExome-8]
ソース 末梢血から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
調整試薬（キット名、バージョン） Illumina Infinium OmniExpressExome-8 Beadchip Kit
遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） GenCall software（GenomeStudio）
関連解析（ソフトウェア）

線形混合モデル（ソフトウェア：BOLT-LMM v2.3.2）

年齢、性別、第１から第１０主成分得点で調整
フィルタリング

検体：Call rate > 0.98

SNP：HWE P < 0.0001、MAF < 0.01、Missing rate > 0.05
マーカー数（QC後） 6,193,994 SNPs（reference：hg19）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000238

Dictionary file

* GWAS_summary_statistics_JST_Combined_set.txt.gz

宮城県または岩手県在住の日本人9,187人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報

* GWAS_summary_statistics_JST_Miyagi.txt.gz

宮城県在住の日本人4,475人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報

* GWAS_summary_statistics_JST_Iwate.txt.gz

岩手県在住の日本人4,712人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報
総データ量 463 MB（txt）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 長﨑 正朗

所 属 機 関： 東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門

プロジェクト/研究グループ名：-

URL： https://www.megabank.tohoku.ac.jp/

URL： http://iwate-megabank.org/

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 東北メディカル・メガバンク計画（東北大学）東日本大震災復興特別会計分 JP18km0105001
日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 東北メディカル・メガバンク計画（東北大学）一般会計分 JP18km0105002
日本医療研究開発機構 ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 AMEDが行うゲノム医療研究支援サービスを支える研究開発基盤の整備 JP18km0405001

 

関連論文

タイトルDOIデータID
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2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
小川 誠司 京都大学 医学研究科 - 造血器腫瘍における遺伝子異常の網羅的解析 JGAD000238 2019/11/14-2024/03/31