NBDC Research ID: hum0164.v1
研究内容の概要
目的： 日本人の日焼けについてのゲノムワイド関連解析
方法： ゲノムワイド関連解析
対象： 住民コホートに参加した9,187名の遺伝子型データと日焼けに関するアンケート情報
URL： https://www.megabank.tohoku.ac.jp/
URL： http://iwate-megabank.org/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000160 | 住民コホートに参加した9,187名の日焼けに関するGWAS | 制限公開（Type I） | 2018/12/14 |
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分子データ
| 対象 | 住民コホートに参加した9,187名 |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium OmniExpressExome-8] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Illumina Infinium OmniExpressExome-8 Beadchip Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenCall software（GenomeStudio） |
| 関連解析（ソフトウェア） |
線形混合モデル（ソフトウェア：BOLT-LMM v2.3.2） 年齢、性別、第１から第１０主成分得点で調整 |
| フィルタリング |
検体：Call rate > 0.98 SNP：HWE P < 0.0001、MAF < 0.01、Missing rate > 0.05 |
| マーカー数（QC後） | 6,193,994 SNPs（reference：hg19） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
* GWAS_summary_statistics_JST_Combined_set.txt.gz 宮城県または岩手県在住の日本人9,187人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報 * GWAS_summary_statistics_JST_Miyagi.txt.gz 宮城県在住の日本人4,475人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報 * GWAS_summary_statistics_JST_Iwate.txt.gz 岩手県在住の日本人4,712人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報 |
| 総データ量 | 463 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 長﨑 正朗
所 属 機 関： 東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門
プロジェクト/研究グループ名：-
URL： https://www.megabank.tohoku.ac.jp/
URL： http://iwate-megabank.org/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 | 東北メディカル・メガバンク計画（東北大学）東日本大震災復興特別会計分 | JP18km0105001 |
| 日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 | 東北メディカル・メガバンク計画（東北大学）一般会計分 | JP18km0105002 |
| 日本医療研究開発機構 ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 | AMEDが行うゲノム医療研究支援サービスを支える研究開発基盤の整備 | JP18km0405001 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 小川 誠司 | 京都大学 医学研究科 | - | 造血器腫瘍における遺伝子異常の網羅的解析 | JGAD000238 | 2019/11/14-2024/03/31 |
