NBDC Research ID: hum0146.v1
研究内容の概要
目的： 生殖補助医療を受けたシルバーラッセル症候群（Silver-Russell Syndrome：SRS）症例におけるメチル化変化を解明する
方法： Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
対象： 生殖補助医療を受けたSRS症例、生殖補助医療を受けていないSRS症例、および、対照健常児
URL： http://www.med.tohoku.ac.jp/about/laboratory/101.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA007187 | NGS（RRBS） | 非制限公開 | 2019/02/19 |
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分子データ
| 対象 |
生殖補助医療を受けたSRS（ICD10：Q871）：5症例 生殖補助医療を受けていないSRS（ICD10：Q871）：5症例 対照健常児：10名 |
| 規模 | RRBS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Reduced representation bisulfite sequncing (RRBS)法 |
| 断片化の方法 | 酵素反応（MspI） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp（アダプターを含む） |
| メチレーション率算出方法 | Bismark methylation extractor (v.0.9.0) |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA007187 |
| 総データ量 | 38.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 有馬 隆博
所 属 機 関： 東北大学大学院医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業 | 先天性インプリント異常症の診断と生殖補助医療の安全性評価 | JP17ek0109132h003 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | ART由来出生児の遺伝的安全性に関するエピゲノムコホート研究 | 17H04335 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Association of four imprinting disorders and ART. | doi: 10.1186/s13148-019-0623-3 | DRA007187 |
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