NBDC Research ID: hum0143.v1
研究内容の概要
目的：膵臓がんを発生させるヒト膵管上皮細胞に、（プロ）レニン受容体を過剰発現させることによって、全ゲノムレベルでゲノム不安定性を生じることを明らかにする。
方法：（プロ）レニン受容体を過剰発現させた細胞とコントロール細胞のヒト全ゲノム比較解析
対象：不死化ヒト膵管上皮細胞（Human pancreatic ductal epithelial：HPDE）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000143 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2025/05/12 |
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分子データ
| 対象 |
HPDE細胞 （プロ）レニン受容体を過剰発現（persistent）させたHPDE-1/E6E7細胞：1検体 （プロ）レニン受容体を過剰発現（transient）させたHPDE-1/E6E7細胞：1検体 空ベクターを導入した（persistent）HPDE-1/E6E7細胞：1検体 空ベクターを導入した（transient）HPDE-1/E6E7細胞：1検体 ベクターを導入していないHPDE細胞（HPDE-1/E6E7、HPDE-6/E6E7）：2検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、Novaseq 6000] |
| ライブラリソース | 細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | HPDE-1/E6E7、HPDE-6/E6E7 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free LT Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| 総データ量 | 410 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 西山 成
所 属 機 関： 香川大学 医学部薬理学
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： http://www.kms.ac.jp/~yakuri/research.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 腎臓が引き起こす生体老化の機序解明とその制御 | 18H03191 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | （プロ）レニン受容体を介した膵管癌の進化メカニズムの解明 | 19K07690 |
| 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 | 膵臓がん形成における（プロ）レニン受容体 の機能解析 | 16K14610 |
| 公益財団法人篷庵社／香川大学医学部医学科同窓会 讃樹會 | 生活習慣病に対する新規治療薬の開発 | - |
| 東京バイオマーカー・イノベーション技術研究組合 TOBIRA研究助成 | 膵臓がんの早期マーカーとしての可溶性（プロ）レニン受容体の有用性の検討 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Aberrant (pro)renin receptor expression induces genomic instability in pancreatic ductal adenocarcinoma through upregulation of SMARCA5/SNF2H | doi: 10.1038/s42003-020-01434-x | JGAD000212 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
