NBDC Research ID: hum0140.v1
研究内容の概要
目的： 術前に化学放射線療法を受けた直腸がん症例における分子プロファイリングをもとにした治療効果予測法の確立
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： 術前に化学放射線療法を受けた直腸がん74症例（原発巣腫瘍組織および非腫瘍組織）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000158 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2019/11/19 |
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分子データ
| 対象 | 術前に化学放射線療法を受けた直腸がん（ICD10：C20 [NG80]）：74症例（計148検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 原発巣の腫瘍組織および非腫瘍組織（もしくは末梢血）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
SureSelect Custom(v5n)及びSureSelect Custom(v5) ・v5n側：SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA + Virus ・v5側：SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000236 |
| 総データ量 | 2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 秋吉 高志
所 属 機 関： がん研有明病院
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 全エクソンシークエンスによる直腸癌術前放射線化学療法効果予測遺伝子の同定 | 15K10156 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Immunogenomic profiles associated with response to neoadjuvant chemoradiotherapy in patients with rectal cancer. | doi: 10.1002/bjs.11179 | JGAD000236 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000236 | 2020/09/18-2023/03/31 |
