NBDC Research ID: hum0132.v1
研究内容の概要
目的： ベトナム戦争中にダイオキシンに暴露した兵士の子供に知的障害が見られることがある。知的障害の原因遺伝子を探索すること、および、ダイオキシンが突然変異に与える影響の検出を目的としている。
方法： Illumina社のHiSeq 2500を用いた全ゲノムシークエンス
対象： ダイオキシン暴露者（退役軍人）とその妻と子の9トリオ（計27名）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000137 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2018/09/07 |
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分子データ
| 対象 | ダイオキシン暴露者（退役軍人）とその妻と知的障害を持つ子の9トリオ（計27名） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp もしくは 93 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000206 |
| 総データ量 | 1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 英刀
所 属 機 関： 理化学研究所・統合生命医科学研究センター・ゲノムシーケンス解析チーム
プロジェクト/研究グループ名： ベトナム人トリオゲノムプロジェクト
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| Scientific Program KHCN-33/11-15, the Ministry of Natural Resources and Environment (Vietnam) | 血中ダイオキシンレベルが上昇しているベトナム人における遺伝子変異の同定 | Grant KHCN-33.06/11-15 |
| the Ministry of Science and Technology (Vietnam) | 血中ダイオキシンレベルが上昇しているベトナム人における遺伝子変異の同定 | Grant DTDL.CN-05/15 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Whole genome sequencing and mutation rate analysis of trios with paternal dioxin exposure. | doi: 10.1002/humu.23585 | JGAD000206 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
