NBDC Research ID: hum0122.v1

 

研究内容の概要

目的: ゲノム初期化におけるゲノム不安定性を明らかにする

方法: 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた初代細胞について、全ゲノムシークエンシングおよびSNPアレイを実施し、変異解析を行う。

対象: 市販のヒト培養細胞、およびそれから誘導したiPS細胞株

URL: https://www.qst.go.jp/

 

データID内容制限公開日

DRA006622

DRA007336

DRA008459

NGS(WGS) 非制限公開 2020/01/14
E-GEAD-311 SNPアレイ 非制限公開 2020/01/14

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分子データ

WGS

対象

ヒト臍帯血由来単核細胞(タカラバイオD10118):4検体(CB_1, CB_2-1, CB_2-2, CB_2-3)

  - CB_1から誘導したiPS細胞:5検体

  - CB_2-1から誘導したiPS細胞:3検体

  - CB_2-2から誘導したiPS細胞:3検体

  - CB_2-3から誘導したiPS細胞:3検体

成人皮膚線維芽細胞(クラボウKF4109):1検体(adult human dermal fibroblast [HDFa])

  - HDFaから誘導したiPS細胞:8検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq X Ten]
ライブラリソース 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた購入細胞それぞれから抽出したDNA
検体情報(購入の場合)

タカラバイオ(D10118):

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100007076

クラボウ(KF4109):

https://www.kurabo.co.jp/bio/product/products.php?M=L&A=C&PPID=118

ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 400 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID

DRA006622(CB_1)

DRA007336(HDFa)

DRA008459(CB_1, CB_2-1, CB_2-2, CB_2-3)

総データ量 2 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

SNPアレイ

対象

ヒト臍帯血由来単核細胞細胞(タカラバイオD10118):1検体(CB_1)

  - CB_1から誘導したiPS細胞:4検体

成人皮膚線維芽細胞(クラボウKF4109):1検体(adult human dermal fibroblast [HDFa])

  - HDFaから誘導したiPS細胞:2検体

規模 genome wide SNVs/CNVs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium Omni2.5-8 v1.4 BeadChip]
ソース 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた初代細胞それぞれから抽出したDNA
検体情報(購入の場合)

タカラバイオ(D10118):

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100007076

クラボウ(KF4109):

https://www.kurabo.co.jp/bio/product/products.php?M=L&A=C&PPID=118

調整試薬(キット名、バージョン) Infinium Omni2.5-8 v1.4 BeadChip Kit
コピー数決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenomeStudio(Illumina)
マーカー数 約250万 CNVs
Genomic Expression Archive ID E-GEAD-311
総データ量 1 GB(idat、txt)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 荒木 良子、安倍 真澄

所 属 機 関: 研究開発法人量子科学技術研究開発機構 放射線医学総合研究所 放射線障害治療研究部

プロジェクト/研究グループ名: 幹細胞研究グループ

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(B) ゲノム初期化に伴う点突然変異と活性酸素 17H03615
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 ゲノムワイド放射線影響解析法の開発 17K20053

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genetic aberrations in iPSCs are introduced by a transient G1/S cell cycle checkpoint deficiency doi: 10.1038/s41467-019-13830-x

DRA006622

DRA007336

DRA008459

E-GEAD-311

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