NBDC Research ID: hum0122.v1
研究内容の概要
目的: ゲノム初期化におけるゲノム不安定性を明らかにする
方法: 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた初代細胞について、全ゲノムシークエンシングおよびSNPアレイを実施し、変異解析を行う。
対象: 市販のヒト培養細胞、およびそれから誘導したiPS細胞株
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
---|---|---|---|
DRA006622 DRA007336 DRA008459 |
NGS(WGS) | 非制限公開 | 2020/01/14 |
E-GEAD-311 | SNPアレイ | 非制限公開 | 2020/01/14 |
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分子データ
対象 |
ヒト臍帯血由来単核細胞(タカラバイオD10118):4検体(CB_1, CB_2-1, CB_2-2, CB_2-3) - CB_1から誘導したiPS細胞:5検体 - CB_2-1から誘導したiPS細胞:3検体 - CB_2-2から誘導したiPS細胞:3検体 - CB_2-3から誘導したiPS細胞:3検体 成人皮膚線維芽細胞(クラボウKF4109):1検体(adult human dermal fibroblast [HDFa]) - HDFaから誘導したiPS細胞:8検体 |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
ライブラリソース | 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた購入細胞それぞれから抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) |
タカラバイオ(D10118): http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100007076 クラボウ(KF4109): https://www.kurabo.co.jp/bio/product/products.php?M=L&A=C&PPID=118 |
ライブラリ作製方法(キット名) | TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
断片化の方法 | 超音波断片化 |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 400 bp |
DDBJ Sequence Read Archive ID |
DRA006622(CB_1) DRA007336(HDFa) DRA008459(CB_1, CB_2-1, CB_2-2, CB_2-3) |
総データ量 | 2 TB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
ヒト臍帯血由来単核細胞細胞(タカラバイオD10118):1検体(CB_1) - CB_1から誘導したiPS細胞:4検体 成人皮膚線維芽細胞(クラボウKF4109):1検体(adult human dermal fibroblast [HDFa]) - HDFaから誘導したiPS細胞:2検体 |
規模 | genome wide SNVs/CNVs |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [Infinium Omni2.5-8 v1.4 BeadChip] |
ソース | 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた初代細胞それぞれから抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) |
タカラバイオ(D10118): http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100007076 クラボウ(KF4109): https://www.kurabo.co.jp/bio/product/products.php?M=L&A=C&PPID=118 |
調整試薬(キット名、バージョン) | Infinium Omni2.5-8 v1.4 BeadChip Kit |
コピー数決定アルゴリズム(ソフトウェア) | GenomeStudio(Illumina) |
マーカー数 | 約250万 CNVs |
Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-311 |
総データ量 | 1 GB(idat、txt) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 荒木 良子、安倍 真澄
所 属 機 関: 研究開発法人量子科学技術研究開発機構 放射線医学総合研究所 放射線障害治療研究部
プロジェクト/研究グループ名: 幹細胞研究グループ
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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科学研究費助成事業 基盤研究(B) | ゲノム初期化に伴う点突然変異と活性酸素 | 17H03615 |
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 | ゲノムワイド放射線影響解析法の開発 | 17K20053 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | Genetic aberrations in iPSCs are introduced by a transient G1/S cell cycle checkpoint deficiency | doi: 10.1038/s41467-019-13830-x |
DRA006622 DRA007336 DRA008459 E-GEAD-311 |
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