NBDC Research ID: hum0122.v1
研究内容の概要
目的： ゲノム初期化におけるゲノム不安定性を明らかにする
方法： 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた初代細胞について、全ゲノムシークエンシングおよびSNPアレイを実施し、変異解析を行う。
対象： 市販のヒト培養細胞、およびそれから誘導したiPS細胞株
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
|
DRA006622 DRA007336 DRA008459 |
NGS（WGS） | 非制限公開 | 2020/01/14 |
| E-GEAD-311 | SNPアレイ | 非制限公開 | 2020/01/14 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
ヒト臍帯血由来単核細胞（タカラバイオD10118）：4検体（CB_1, CB_2-1, CB_2-2, CB_2-3） - CB_1から誘導したiPS細胞：5検体 - CB_2-1から誘導したiPS細胞：3検体 - CB_2-2から誘導したiPS細胞：3検体 - CB_2-3から誘導したiPS細胞：3検体 成人皮膚線維芽細胞（クラボウKF4109）：1検体（adult human dermal fibroblast [HDFa]） - HDFaから誘導したiPS細胞：8検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた購入細胞それぞれから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） |
タカラバイオ（D10118）： http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100007076 クラボウ（KF4109）： https://www.kurabo.co.jp/bio/product/products.php?M=L&A=C&PPID=118 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 400 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID |
DRA006622（CB_1） DRA007336（HDFa） DRA008459（CB_1, CB_2-1, CB_2-2, CB_2-3） |
| 総データ量 | 2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ヒト臍帯血由来単核細胞細胞（タカラバイオD10118）：1検体（CB_1） - CB_1から誘導したiPS細胞：4検体 成人皮膚線維芽細胞（クラボウKF4109）：1検体（adult human dermal fibroblast [HDFa]） - HDFaから誘導したiPS細胞：2検体 |
| 規模 | genome wide SNVs/CNVs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium Omni2.5-8 v1.4 BeadChip] |
| ソース | 樹立したiPS細胞、および樹立に用いた初代細胞それぞれから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） |
タカラバイオ（D10118）： http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100007076 クラボウ（KF4109）： https://www.kurabo.co.jp/bio/product/products.php?M=L&A=C&PPID=118 |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Infinium Omni2.5-8 v1.4 BeadChip Kit |
| コピー数決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenomeStudio（Illumina） |
| マーカー数 | 約250万 CNVs |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-311 |
| 総データ量 | 1 GB（idat、txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 荒木 良子、安倍 真澄
所 属 機 関： 研究開発法人量子科学技術研究開発機構 放射線医学総合研究所 放射線障害治療研究部
プロジェクト/研究グループ名： 幹細胞研究グループ
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | ゲノム初期化に伴う点突然変異と活性酸素 | 17H03615 |
| 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 | ゲノムワイド放射線影響解析法の開発 | 17K20053 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genetic aberrations in iPSCs are introduced by a transient G1/S cell cycle checkpoint deficiency | doi: 10.1038/s41467-019-13830-x |
DRA006622 DRA007336 DRA008459 E-GEAD-311 |
| 2 |
