NBDC Research ID: hum0112.v1
研究内容の概要
目的： 受精卵よりヒト胎盤幹細胞株を樹立し、その細胞特性に関する基礎的な研究を行う。
方法： PBAT-seq、ChIP-seq、RNA-seq、miRNA-seq
対象： ヒト胎盤幹細胞２系統
URL： http://ihec-epigenomes.org/（マッピング済のデータが間もなくIHEC Data Portalより利用可能となります）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
|
JGAS000112 （JGA000122） |
制限公開（Type I） | 2017/12/14 |
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分子データ
| 対象 | ヒト胎盤幹細胞：３サンプル（系統：１、培養条件：３） |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法 |
| 断片化の方法 | PBAT法 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000121 |
| 総データ量 | 315 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | ヒト胎盤幹細胞：18サンプル（系統：１、培養条件：３、抗体：6種 [抗H3K4me3, H3K4me1, H3K9me3, H3K27ac, H3K27me3, H3K36me3抗体]）＋１ネガティブコントロール |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris M220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000121 |
| 総データ量 | 315 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | ヒト胎盤幹細胞：６サンプル（系統：２、培養条件：３） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina) |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000121 |
| 総データ量 | 315 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | ヒト胎盤幹細胞：３サンプル（系統：１、培養条件：３） |
| 規模 | miRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs) |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 64 or 68 bp（アダプター込み） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000121 |
| 総データ量 | 315 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 有馬 隆博
所 属 機 関： 東北大学大学院医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野
プロジェクト/研究グループ名：革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（IHEC）佐々木チーム
URL： http://crest-ihec.jp/、http://ihec-epigenomes.net/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究 | JP17gm0510011 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Derivation of Human Trophoblast Stem Cells | doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004 |
JGAD000121 JGAD000073 |
| 2 | The microRNA cluster C19MC confers differentiation potential into trophoblast lineages upon human pluripotent stem cells | doi: 10.1038/s41467-022-30775-w |
JGAD000121 JGAD000115 (hum0086) |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Nehemiah Alvarez | De Novo Genomics Corporation | JGAD000121 | 2018/01/15-2018/12/31 | ||
| R. Michael Roberts | University of Missouri, Animal Sciences / Biochemistry | JGAD000121 | 2018/03/02-2019/02/15 | ||
| Zhigang Xue | School of Medicine and Life Science, Tongji University | JGAD000121 | 2018/12/17-2022/12/31 | ||
| Todd Macfarlan | National Institute of Child Health and Human Development | JGAD000121 | 2018/12/17-2019/10/31 | ||
| Howard Fine | Weill Cornell Medicine | JGAD000121 | 2018/12/18-2023/12/10 | ||
| William S.B. Yeung | Department of Obstetrics and Gynaecology, the University of Hong Kong | JGAD000121 | 2019/02/12-2020/12/13 | ||
| Hui Li | Department of Histoembryology, Genetics and Developmental Biology, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine | Derivation of Human Induced Trophoblast Stem Cells from Embryonic Stem Cells | JGAD000121 | 2020/01/15-2023/12/30 | |
| Thorold W. Theunissen | Washington University School of Medicine in St. Louis | Assessment of trophoblast fates derived from human pluripotent stem cells | JGAD000121 | 2020/01/22-2021/09/16 | |
| Lin GAO | The Hong Kong University of Science and Technology | Defining the transcriptional regulatory roles of retrotransposons in human placenta cells. | JGAD000121 | 2021/08/11-2024/05/28 | |
| Gianluca Ursini | Lieber Institute for Brain Development, Johns Hopkins University School of Medicine | アメリカ合衆国 | Analysis of the transcriptional profile of Human Trophoblast Stem Cells | JGAD000121 | 2022/04/20-2023/03/31 |
| Ming-an Sun | 揚州大学 College of Veterinary Medicine | 中華人民共和国 | The activation and function of endogenous retroviruses in mammalian placentae | JGAD000121 | 2022/06/20-2024/06/30 |
| Xinzhi Zhao | International Peace Maternity and Child Health Hospital, School of Medicine, Shanghai Jiao Tong University | 中華人民共和国 | Research on epigenetic regulations of placenta-specific enhancers associated with preeclampsia. | JGAD000121 | 2022/12/09-2023/10/19 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000121 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| Paul Robson | The Jackson Laboratory for Genomic Medicine | アメリカ合衆国 | Modeling extra-embryonic mesoderm lineage development with human induced pluripotent stem cells | JGAD000121 | 2024/02/09-2026/12/26 |
| 依馬 正次 | 滋賀医科大学 動物生命科学研究センター 幹細胞・ヒト疾患モデル研究分野 | 日本 | ヒト胎盤からの栄養膜幹細胞の単離と性状解析 | JGAD000121 | 2024/09/26-2026/08/31 |
