NBDC Research ID: hum0060.v1
研究内容の概要
目的： 再発・転移性乳がんの原発巣と再発巣の腫瘍組織を同一患者から採取し、全エクソンシーケンス解析（Whole Exome Sequencing: WES）等による分子プロファイリングを実施することで、再発・転移性乳がんの特徴を検出する。
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したWES
対象： 乳がん65症例の非腫瘍組織、原発巣（腫瘍組織）、および、転移巣（腫瘍組織）の合計175検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000075 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2018/04/03 |
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分子データ
| 対象 | 再発・転移性乳がん：65症例（175検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 非腫瘍組織、原発巣（腫瘍組織）、および、転移巣（腫瘍組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000075 |
| 総データ量 | 4 TB（fastq [350 files]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 三木 義男
所 属 機 関： 東京医科歯科大学 難治疾患研究所
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） | 分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発（再発性乳がんに特徴的な新規遺伝子変異の同定） | |
| 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特定奨励費） | 先進的がん治療法開発のためのマルチオミック解析による基盤的基礎研究（患者腫瘍検体のゲノム・エピゲノム情報解析とデータベース構築） |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 万代 昌紀 | 京都大学医学部医学研究科 婦人科学産科学教室 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者の尾ミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプト-ム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | JGAD000075 | 2020/03/13-2025/03/31 | |
| 河野 隆志 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | AYA（Adolescence and Young Adult）世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 | JGAD000075 | 2021/09/27-2025/03/31 |
