NBDC Research ID: hum0050.v1
研究内容の概要
目的： HBV感染者の血液のトランスクリプトームを理解する。
方法： 血液からRNAを抽出し、Cap Analysis of Gene Expression（CAGE）ライブラリを作成後、シークエンシングを実施
対象： 抗ウイルス療法未施行のGenotype Cの男性HBVキャリア
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000053 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/09/30 |
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分子データ
| 対象 | 抗ウイルス療法未施行のGenotype Cの男性HBVキャリア：8症例 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 抗ウイルス療法未施行のGenotype Cの男性HBVキャリアの血液より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | nAnT-iCAGE v2.1 |
| 断片化の方法 | 断片化なし |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000053 |
| 総データ量 |
3 GB（fastq、bam [ref: hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 松浦 知和
所 属 機 関： 東京慈恵会医科大学 臨床検査医学講座
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 肝炎等克服実用化研究事業 Ｂ型肝炎創薬実用化等研究事業 | 次世代生命基盤技術を用いたB型肝炎制圧のための創薬研究 | JP15fk0310004 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Single-nucleotide-resolution mapping of HBV promoters in infected human livers and hepatocellular carcinoma | doi: 10.1128/JVI.01625-16 | JGAS000053 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
