NBDC Research ID: hum0044.v1
研究内容の概要
目的： 成人T細胞白血病（ATL）細胞株（ED）のエピゲノムを調べる
方法： クロマチン免疫沈降後シークエンス
対象： ATL細胞株ED
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA004162 | NGS（ChIP-seq） | 非制限公開 | 2016/10/31 |
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分子データ
| 対象 | 1名のATL罹患者の細胞から樹立したセルライン（ATL細胞株ED） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | ATL細胞株EDから抽出したクロマチンDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Diagenode社 Bioruptor USD-200） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA004162 |
| 総データ量 | 159.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 佐藤 賢文
所 属 機 関： 熊本大学 国際先端医学機構
プロジェクト/研究グループ名： 佐藤研究室
URL： http://www.caids.kumamoto-u.ac.jp/satou/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 成人T細胞白血病の制御へ向けたHTLV-1プロウイルス解析 | 26461428 |
| 公益財団法人 武田科学振興財団 | HTLV-1 を起点とした成人 T 細胞白血病発症メカ ニズム解明と早期診断法の確立 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | The retrovirus HTLV-1 inserts an ectopic CTCF-binding site into the human genome | doi: 10.1073/pnas.1423199113 | DRA004162 |
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