NBDC Research ID: hum0032.v1
研究内容の概要
目的： 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（The International Human Epigenome Consortium: IHEC）に参画し、年齢・性別の異なる複数の日本人検体から得られた正常細胞等の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開して研究基盤形成に貢献する。
方法： 肝部分切除術検体から純化した肝細胞を対象とするPBAT-seq解析、ChIP-seq解析、RNA-seq解析
対象： 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類（正常：6例、B型肝炎ウイルス感染陽性：1症例、C型肝炎ウイルス感染陽性：1症例）
URL： http://crest-ihec.jp/project/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000026 | NGS（PBAT-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/07/22 |
| JGAS000027 | NGS（ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/07/22 |
| JGAS000028 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/07/22 |
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分子データ
| 対象 | 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類（正常6検体、B型肝炎ウィルス感染陽性1検体、C型肝炎ウィルス感染陽性1検体） |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法 |
| 断片化の方法 | Post-bisulfite adaptor-tagging（PBAT）法による（Bisulfite変換に伴うDNA切断） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000026 |
| 総データ量 | 76 GB（fastq [8664 files / 16,901,103,593 reads]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類（正常6検体、B型肝炎ウィルス感染陽性1検体、C型肝炎ウィルス感染陽性1検体） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | 抗H3K4me3、H3K9me3、H3K27me3、H3K27ac、H3K4me1、H3K36me3モノクローナル抗体（東京工業大学木村宏教授提供）を用いて免疫沈降 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（BRANSON SLPe, amplitude 40%, on 30 sec and off 30 sec, 10 cycles, on ice） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 36 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000027 |
| 総データ量 | 90 GB（fastq [601 files / 2,299,849 reads]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類（正常6検体、B型肝炎ウィルス感染陽性1検体、C型肝炎ウィルス感染陽性1検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Preparation Kit v2 ないし SureSelect Strand Specific RNA kit |
| 断片化の方法 | 二価陽イオンと温度（94℃） によるRNAの断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000028 |
| 総データ量 | 76 GB（fastq [644 files / 1,092,677,168 reads） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 金井 弥栄
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部病理学教室
プロジェクト/研究グループ名：革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（IHEC）金井チーム
URL： http://crest-ihec.jp/index.html
URL： http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/research_area/completed/bunyah23-4.html
URL： https://pathology.med.keio.ac.jp/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Amplification-free whole-genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging. | doi: 10.1093/nar/gks454 | JGAD000026 |
| 2 | Multilayer-omics analyses of human cancers: exploration of biomarkers and drug targets based on the activities of the International Human Epigenome Consortium. | doi: 10.3389/fgene.2014.00024 | - |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Guillaume Bourque | McGill University / McGill University & Genome Quebec Innovation Center |
JGAD000026 JGAD000027 JGAD000028 |
2018/06/07-2020/03/20 | ||
| Martin Hirst | BC Cancer |
JGAD000026 JGAD000027 JGAD000028 |
2018/08/06-2022/05/31 | ||
| Quan Long | University of Calgary, Faculty of Medicine, Department of Biochemistry & Molecular Biology |
JGAD000026 JGAD000027 JGAD000028 |
2019/01/21-2023/08/31 | ||
| Anton Wellstein | Georgetown University School of Medicine, Department of Oncology | Biomarkers to evaluate immune related adverse events (irAEs) due to treatment with immune checkpoint inhibitors (ICIs) | JGAD000026 | 2020/11/06-2021/09/01 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000028 | 2022/12/26-2025/03/31 |
