NBDC Research ID: hum0027.v1
研究内容の概要
目的： 侵襲性歯周炎罹患者の全エクソン領域を解読することにより、（１）侵襲性歯周炎データベースの作成、および（２）侵襲性歯周炎の疾患関連遺伝子（一塩基多型および挿入欠失）の探索を行い、関連遺伝子について機能解析を実施することで、侵襲性歯周炎の予防・診断・治療方針の確立を目指す。
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： 侵襲性歯周炎患者44症例（アメリカ歯周病学会の診断基準に基づき診断）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
|
NGS（Exome） |
制限公開（Type I） | 2016/07/28 |
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分子データ
| 対象 | 侵襲性歯周炎患者：44症例 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V5（50M）kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプター、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000024 （hg18）1症例 JGAD000040 （hg19）43症例 |
| 総データ量 | 460 GB（fastq、bam、vcf） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） |
公開日より1年間は民間企業での利用禁止 |
提供者情報
研究代表者： 村上 伸也
所 属 機 関： 大阪大学大学院 歯学研究科
プロジェクト/研究グループ名：
URL： http://www.dent.osaka-u.ac.jp/admission/admission_000301.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（A） | ゲノムワイドアプローチによる歯周病疾患関連遺伝子探索の新展開 | 15H02579 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | マトリックス分解酵素カテプシンAが歯周組織再生に及ぼす影響 | 15K11385 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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