NBDC Research ID: hum0011.v1
研究内容の概要
目的： B型肝炎ウィルスのヒトゲノム内への組み込み解析研究
方法： Target enrichment systemによりHBVゲノム組み込み部位を含むヒトゲノムをキャプチャし、ライブラリとして用いた次世代シークエンス解析
対象： PLC/PRF/5細胞株1サンプル、HepG22215細胞株1サンプル、HBV感染ヒト肝がん 8症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000015 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2015/10/07 |
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分子データ
| 対象 |
PLC/PRF/5細胞株 1サンプル、 HepG22215細胞株 1サンプル、 HBV感染ヒト肝がん 8症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
HBVゲノム組み込み部位を含むヒトゲノム |
| Platform | Roche GS FLX Titanium |
| ライブラリソース | HBV感染ヒト肝がん臨床組織 |
| 検体情報（購入の場合） |
PLC/PRF/5細胞株（肝がん細胞、HBs抗原陽性） HepG22215細胞株（肝がん細胞、HBVが組込まれている） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | カスタム |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | GS Run Processor |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 321.10 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000015 |
| 総データ量 |
1.84 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山本 博幸
所 属 機 関： 聖マリアンナ医科大学 消化器・肝臓内科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | Ｂ型肝炎の肝発癌におけるＨＢｘ遺伝子の役割の網羅的解析 | 23590964 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | DNA methylation at hepatitis B viral integrants is associated with methylation at flanking human genomic sequences. | doi: 10.1101/gr.175240.114. | JGAD000015 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
