NBDC Research ID: hum0522.v1
研究内容の概要
目的： 免疫チェックポイント阻害薬（Immune Checkpoint Inhibitor：ICI）治療後のICI結合疲弊前駆T細胞の動態の検討ならびに自己免疫疾患における免疫担当細胞の解析
方法： scRNA-seq、TCR-seq、CITE-seq
対象： 食道胃接合部がん2症例、胃がん3症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000720 | NGS（scRNA-seq、TCR-seq、CITE-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/06/26 |
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分子データ
| 対象 |
食道胃接合部がん（ICD10：C15.8）：2症例（7検体） 症例1：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体 症例2：血液、転移性肝がん、非転移リンパ節、の3検体 胃がん（ICD10：C16.9）：3症例（12検体） 症例3：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 症例4：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体 症例5：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Novaseq 6000] MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 検体から分離したT細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Kit v2 Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000853 |
| 総データ量 | 482.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
食道胃接合部がん（ICD10：C15.8）：2症例（7検体） 症例1：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体 症例2：血液、転移性肝がん、非転移リンパ節、の3検体 胃がん（ICD10：C16.9）：3症例（12検体） 症例3：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 症例4：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体 症例5：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 |
| 規模 | TCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Novaseq 6000] MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 検体から分離したT細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell Human TCR Amplification Kit Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000853 |
| 総データ量 | 482.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
食道胃接合部がん（ICD10：C15.8）：2症例（7検体） 症例1：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体 症例2：血液、転移性肝がん、非転移リンパ節、の3検体 胃がん（ICD10：C16.9）：3症例（12検体） 症例3：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 症例4：血液、腫瘍、転移リンパ節、非転移リンパ節、の4検体 症例5：血液、腫瘍、非転移リンパ節2カ所、の計4検体 |
| 規模 | CITE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Novaseq 6000] MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 検体から分離したT細胞より抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Kit v2 Chromium Next GEM Chip K Single Cell Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000853 |
| 総データ量 | 482.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 西塔 拓郎
所 属 機 関： 大阪大学大学大学院医学系研究科 消化器外科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 胃癌リンパ節の免疫活性化とチェックポイント阻害薬がリンパ節に与える影響の検討 | 23K15472 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | ヒト胃癌リンパ節における免疫抑制機構の解明 | 20K17685 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | ニボルマブ結合T細胞検出法を用いた免疫チェックポイント阻害薬の治療効果機序の解明 | 23K08194 |
| 公益財団法人 武田科学振興財団 医学系研究助成 がん領域（基礎） | 胃癌所属リンパ節の空間的位置に注目した抗腫瘍リンパ球活性化・抑制化機構の解明 | - |
| 公益財団法人 伊藤忠兵衛基金 医療研究助成 | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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