NBDC Research ID: hum0521.v1
研究内容の概要
目的： 子宮体がんの腫瘍微小環境におけるB細胞・T細胞の特徴の理解を深めることで、子宮体がんにおける腫瘍免疫を明らかにする。
方法： 子宮組織検体を酵素処理後、MACS法（Magnetic cell sorting：MACS）によりCD45陽性リンパ球を分離した。次にFACS法（Fluorescence-activated cell sorting）にてCD19陽性B細胞およびCD3陽性T細胞を分離した。分離したB細胞およびT細胞を対象としたsingle-cell（sc）RNA-seq、scBCR-seq、scTCR-seq、ならびにCITE-seq解析を実施した。
対象： 子宮体がん10症例の腫瘍組織および遺伝性乳がん卵巣がん症候群1症例の正常子宮組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000827 | NGS（scRNA-seq、scBCR-seq、scTCR-seq、CITE-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/08/29 |
| E-GEAD-1121 | NGS（scRNA-seq、scBCR-seq、scTCR-seq、CITE-seq） | 非制限公開 | 2025/08/29 |
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分子データ
scRNA-seq（JGAS000827 / E-GEAD-1121）
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C549）：10症例 腫瘍組織より分離したB細胞：10症例11検体 （10症例のうち1症例は2回のscRNA-seqデータ取得） 腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体 遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例 正常子宮組織より分離したB細胞：1症例1検体 正常子宮組織より分離したT細胞：1症例1検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 子宮検体より分離したB細胞およびT細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1 または 5' v2 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| リファレンス配列 | GRCh38-3.0.0 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger v5.0.1 |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| 遺伝子数 | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000969 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1121 |
| 総データ量 |
JGAD000969：1.2 TB（fastq、csv） E-GEAD-1121：2 GB（h5、csv、tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
scBCR-seq（JGAS000827 / E-GEAD-1121）
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C549）：4症例 腫瘍組織より分離したB細胞：4症例4検体 遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例 正常子宮組織より分離したB細胞：1症例1検体 |
| 規模 | scBCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 子宮検体より分離したB細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| リファレンス配列 | refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-5.0.0 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger v5.0.1 |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000969 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1121 |
| 総データ量 |
JGAD000969：1.2 TB（fastq、csv） E-GEAD-1121：2 GB（h5、csv、tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
scTCR-seq（JGAS000827 / E-GEAD-1121）
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C549）：5症例 腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体 遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例 正常子宮組織より分離したT細胞：1症例1検体 |
| 規模 | scTCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 子宮検体より分離したT細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| リファレンス配列 | refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-5.0.0 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger v5.0.1 |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000969 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1121 |
| 総データ量 |
JGAD000969：1.2 TB（fastq、csv） E-GEAD-1121：2 GB（h5、csv、tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
CITE-seq（JGAS000827 / E-GEAD-1121）
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C549）：6症例 腫瘍組織より分離したB細胞：6症例6検体 腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体 |
| 規模 | CITE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 子宮検体より分離したB細胞およびT細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1 または 5' v2；BioLegend TotalSeq-B または -C |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| リファレンス配列 | - |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger v5.0.1 |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger v5.0.1 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000969 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1121 |
| 総データ量 |
JGAD000969：1.2 TB（fastq、csv） E-GEAD-1121：2 GB（h5、csv、tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 上野 英樹
所 属 機 関： 京都大学医学系研究科 免疫細胞生物学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| - | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Oligoclonal expansion of IgG+ B cells along with Tfh cell response is associated with a better outcome in endometrial cancer | doi: 10.1093/intimm/dxaf049 | JGAD000969 E-GEAD-1121 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
