NBDC Research ID: hum0491.v1
研究内容の概要
目的： 二次リンパ組織における胚中心反応は高親和性抗体を産生するための反応であり、主に CD4+ T細胞によって制御されている。しかしヒトにおいて二次リンパ組織の CD4+ T 細胞の生態は十分に描写されていない。特に胚中心反応を抑制するIL10+ Foxp3− 濾胞CD4+ T（T follicular regulatory type 1, Tfr1）細胞の分化・局在・多様性は未解明である。本研究はヒト二次リンパ組織におけるCD4+ T細胞を詳細に描写し、IL10+ Foxp3− 濾胞CD4+ T細胞の分化・局在・多様性を解明することを目的とする。
方法： 扁桃検体からFACSでCD4+T細胞（whole または Tfr1-enriched）を分離し、1細胞マルチオミクス解析（scRNA-seq、scRNA-TCR-seq、scATAC-RNA-seq）を行った。なお、一部の実験では CITE-seq を併用した。
対象： 慢性扁桃炎8症例の扁桃組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000805 | NGS（scRNA-seq、scRNA-TCR-seq、scATAC-RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/07/04 |
| E-GEAD-1086 |
JGAS000805 / JGAD000947の加工データ NGS（scRNA-seq、scRNA-TCR-seq、scATAC-RNA-seq）のリードカウントデータ |
非制限公開 | 2025/07/04 |
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分子データ
scRNA-seq with/without CITE-seq（JGAS000805 / E-GEAD-1086）
| 対象 |
慢性扁桃炎（ICD10：J35.0）：4症例 扁桃組織検体からFACSで分離したCD4+T細胞：8検体（whole 4検体、Tfr1-enriched 4検体） |
| 規模 | scRNA-seq with/without CITE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Novaseq 6000] |
| ライブラリソース | 扁桃検体からFACSで分離したCD4+T細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | 10× Genomics, Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1 および BioLegend, TotalSeq-A, -B |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics） |
| リファレンス配列 | GRCh38-2020-A（GENCODE v32/Ensembl 98） |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics） |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics） |
| 遺伝子数 | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000947 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1086 |
| 総データ量 |
JGAD000947：1.8 TB（fastq、csv） E-GEAD-1086：16 GB（h5、csv、tsv.gz、tsv.gz.tbi） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
scRNA-TCR-seq with/without CITE-seq（JGAS000805 / E-GEAD-1086）
| 対象 |
慢性扁桃炎（ICD10：J35.0）：5症例 扁桃組織検体からFACSで分離したCD4+T細胞：10検体（whole 5検体、Tfr1-enriched 5検体） |
| 規模 | scRNA-TCR-seq with/without CITE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Novaseq 6000] |
| ライブラリソース | 扁桃検体からFACSで分離したCD4+T細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | 10× Genomics, Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 および BioLegend, TotalSeq-C |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics） |
| リファレンス配列 | GRCh38-2020-A（GENCODE v32/Ensembl 98）および refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-5.0.0 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics） |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000947 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1086 |
| 総データ量 |
JGAD000947：1.8 TB（fastq、csv） E-GEAD-1086：16 GB（h5、csv、tsv.gz、tsv.gz.tbi） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
scATAC-RNA-seq（JGAS000805 / E-GEAD-1086）
| 対象 |
慢性扁桃炎（ICD10：J35.0）：2症例 扁桃組織検体からFACSで分離したCD4+T細胞：4検体（whole 2検体、Tfr1-enriched 2検体） |
| 規模 | scATAC-RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 扁桃検体からFACSで分離したCD4+T細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | 10× Genomics, Chromium Next GEM Multiome |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | Cell Ranger ARC v2.0.0（10x Genomics） |
| リファレンス配列 | GRCh38-2020-A（GENCODE v32/Ensembl 98） |
| オープンクロマチン領域決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger ARC v2.0.0（10x Genomics） |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger ARC v2.0.0（10x Genomics） |
| peak数 | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000947 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1086 |
| 総データ量 |
JGAD000947：1.8 TB（fastq、csv） E-GEAD-1086：16 GB（h5、csv、tsv.gz、tsv.gz.tbi） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 上野 英樹
所 属 機 関： 京都大学医学系研究科 免疫細胞生物学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Single-cell multiomic analysis revealed the differentiation, localization, and heterogeneity of IL10+ Foxp3– follicular T cells in humans. | doi: 10.1093/intimm/dxaf014 | JGAD000947 E-GEAD-1086 |
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