NBDC Research ID: hum0488.v1
研究内容の概要
目的：筋萎縮性側索硬化症（amyotrophic lateral sclerosis：ALS）は運動神経の変性により、全身の筋力低下を起こして嚥下障害や呼吸障害を生じる致死性の神経変性疾患である。現在根本的な治療薬がなく一刻も早い新規治療法の開発が望まれている。ALSの発症原因は不明の点が多いが、大部分のALS患者の運動神経ではRNA結合蛋白質TDP-43の核から細胞質への局在変化とそこでの異常沈着がみられ、TDP-43によるRNA代謝の何らかの異常がALSの発症に関与することが示唆されている。本研究の目的はALSにおけるRNA代謝異常の意義を明らかにすることである。
方法：全ゲノム解析、bulk RNA-seq解析、single-nucleus RNA-seq解析、single-nucleus ATAC-seq解析
対象： 大阪大学医学部附属病院および東京都健康長寿医療センターにて病理診断目的に解剖、凍結保存されたALS（TDP-43病理所見あり）13症例、ALS以外の疾患（TDP-43病理所見なし）13症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000851 | NGS（bulk RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2026/01/05 |
| JGAS000852 | NGS（WGS、snRNA-seq、snATAC-seq） | 制限公開（Type I） | 2026/01/05 |
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分子データ
| 対象 |
ALS（ICD10：G12.2）：7症例 非ALS：7症例 凍結延髄組織（錐体部） |
| 規模 | bulk RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 凍結組織より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext rRNA Depletion Kit（Human/Mouse/Rat）、 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000993 |
| 総データ量 | 147.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ALS（ICD10：G12.2）：6症例 非ALS：6症例 凍結脳組織（大脳運動野）、凍結脊髄組織（腰髄L4、L5レベル） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 凍結組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000994 |
| 総データ量 | 1.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ALS（ICD10：G12.2）：6症例 非ALS：6症例 凍結脳組織（大脳運動野）、凍結脊髄組織（腰髄L4、L5レベル） |
| 規模 | snRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 凍結組織から密度勾配法によって単離した核より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 3ʹ v3.1 |
| 断片化の方法 | サプライヤー提供プロトコルに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000994 |
| 総データ量 | 1.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ALS（ICD10：G12.2）：4症例 非ALS：4症例 凍結脳組織（大脳運動野）、凍結脊髄組織（腰髄L4、L5レベル） |
| 規模 | snATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 凍結組織から密度勾配法によって単離した核より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression |
| 断片化の方法 | サプライヤー提供プロトコルに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000994 |
| 総データ量 | 1.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 長野 清一
所 属 機 関： 大阪大学大学院医学系研究科 神経難病認知症探索治療学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 神経軸索内局所翻訳機構に着目したALS/FTLDの病態解明と治療法開発 | 21H02841 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | 神経細胞内鉄代謝障害に基づく筋萎縮性側索硬化症の病態解明 | 22H04811 |
| 科学研究費助成事業 挑戦的研究（萌芽） | 細胞種特異的スプライシング変化を介したALS発症機序の解明 | 23K18265 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 患者組織由来RNA-seqの統合的解析によるALS病態関連因子の同定 | 24K02370 |
| ⽇本医療研究開発機構（AMED）橋渡し研究プログラム | 戦略的TR推進による自立循環型新規医療創出拠点の実現 | JP20lm0203007 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業 | リボソームの機能改善を目指した筋萎縮性側索硬化症(ALS)の新規治療法の開発 | JP21ek0109520 |
| ⽇本医療研究開発機構（AMED）脳とこころの研究推進プログラム | 制御性T細胞を介した筋萎縮性側索硬化症の病態機序の解明と治療法の開発 | JP23wm0525029 |
| 大阪大学先導的学際研究機構 生命医科学融合フロンティア研究部門 | 筋萎縮性側索硬化症（ALS）の内在性レトロウイルス（ERV）を軸とした病態解明と治療法開発 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | piRNA/PIWI Protein Complex as a Potential Biomarker in Sporadic Amyotrophic Lateral Sclerosis | doi: 10.1007/s12035-021-02686-2 | JGAD000993 |
| 2 | Alternative Splicing Alterations in Patients With Amyotrophic Lateral Sclerosis: Link to the Disruption of TAR DNA-Binding Protein 43 kDa Functions | doi: 10.1111/ncn3.12880 | JGAD000993 |
| 3 | Single-nucleus multiome shows motor neuron glutamate overactivation in amyotrophic lateral sclerosis | doi: 10.1093/brain/awaf426 | JGAD000994 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
