NBDC Research ID: hum0481.v1

 

研究内容の概要

目的： アルツハイマー病発症関連遺伝子の同定と疾患予測モデルへの応用

方法： 血液細胞の網羅的遺伝子発現解析（RNA-seq）

対象： アルツハイマー病症例、軽度認知障害症例、健常者（認知機能正常）

 

データID内容制限公開日
JGAS000755 NGS（RNA-seq） 制限公開（Type I） 2024/11/25

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分子データ

JGAS000755
対象

アルツハイマー病（ICD10：F00）：424症例（424検体）

軽度認知障害（ICD10：F06.7）：543症例（543検体）

認知機能正常：260名（260検体）
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 末梢血から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin、IDT for Illumina TruSeq DNA UD Indexes
断片化の方法 酵素反応（Elute, Prime, Fragment High Mix）
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 151 bp
マッピング方法 STAR （ver. 2.5.2b）
リファレンス配列 GRCh37
リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） subread package（ver. 1.6.6）
フィルタリング（QC）方法 FastQC （ver. 0.11.7）、Cutadapt（ver. 1.16）
遺伝子数 57820
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000896
総データ量 237.4 MB（transcripts per million（TPM）をまとめたtxtファイル）
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提供者情報

研究代表者：重水 大智

所 属 機 関：国立研究開発法人 国立長寿医療研究センター メディカルゲノムセンター

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
国立長寿医療研究センター 長寿医療研究開発費 「認知症発症関連因子・機械モジュールの探索と人工知能を用いた発症予測モデルの開発」に関する研究 21-24
国立長寿医療研究センター 長寿医療研究開発費 大規模ゲノム解析における老年病発症関連遺伝子変異の同定と人工知能による発症リスク予測モデルの開発 24-11

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Alzheimer’s disease may develop from changes in the immune system, cell cycle, and protein processing following alterations in ribosome function JGAD000896

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間