NBDC Research ID: hum0464.v1
研究内容の概要
目的： 白血病、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性腫瘍、多発性骨髄腫などの造血器腫瘍に対する根治的治療法は十分に確立されているとは言い難い。これらの研究を阻む大きな要因の一つに、適切に病態を模倣するモデルマウスの構築の困難さがある。本研究では、難治性造血器腫瘍患者から末梢血または骨髄液を採取し、体外での増幅およびジェネティック・エピジェネティックスな観点を含めた分子生物学・細胞生物学的解析を試みて得た知見をもとに、患者検体移植造血器腫瘍モデルマウスの作製、さらに、新規治療法の開発を目指す。
方法： 造血器腫瘍の確定診断および病勢評価のための骨髄穿刺液の一部を用いる。Ficoll処理により単核球を抽出し、MACSビーズもしくはFACS sorterを用いて目的の表面抗原を有する腫瘍細胞集団を分取する。これらの細胞を用いて、RNAシークエンスによる遺伝子発現プロファイル解析を行う。
対象： 【RNA-seq】 多発性骨髄腫17症例の骨髄86検体
【scRNA-seq、scBCR-seq】 多発性骨髄腫9症例の骨髄22検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000723 | NGS（RNA-seq、scRNA-seq、scBCR-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/07/25 |
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分子データ
| 対象 |
多発性骨髄腫（ICD10：C90.0）：17症例 骨髄（腫瘍組織）：86検体 11分画：8症例60検体 CD138陽性・陰性ペア： 13症例26検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000、NextSeq 2000] |
| ライブラリソース | 骨髄（腫瘍組織）由来の11分画検体およびCD138陽性・陰性単核球検体から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、SMART-Seq HT Kit、NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 70 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000856 |
| 総データ量 | 143.0 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
多発性骨髄腫（ICD10：C90.0）：9症例 骨髄（腫瘍組織）：22検体 （scRNA-seqとscBCR-seqで11検体ずつ） |
| 規模 | scRNA-seq、scBCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 骨髄（腫瘍組織）由来のCD38陽性単核球検体から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Kit v2、Chromium Single Cell Human BCR Amplification Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 90 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000856 |
| 総データ量 | 143.0 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 岩間 厚志
所 属 機 関： 東京大学 医科学研究所 幹細胞治療研究センター 幹細胞分子医学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
URL: https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/molmed/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 加齢造血幹細胞腫瘍における造血幹細胞エイジングの病因論的意義の解明 | JP24H00066 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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