NBDC Research ID: hum0455.v1
研究内容の概要
目的： 小細胞癌と大細胞型神経内分泌癌（large cell neuroendocrine carcinoma：LCNEC）は高悪性度神経内分泌癌（high-grade neuroendocrine carcinomas：HGNEC）に分類される。HGNECは予後不良で、治療に対して高確率で耐性化する。小細胞癌はASCL1、NEUROD1、POU2F3、YAP1の4つの転写因子の発現量によってサブタイプ分類ができ、それぞれの予後が異なる。LCNECでは、4つの因子が腫瘍内で不均一に分布する傾向がある。この不均一さが治療抵抗性に関与しているという仮説のもと、不均一性を検討するために、全ゲノム解析（whole genome sequencing：WGS）解析や空間トランスクリプトーム解析を実施する。腫瘍組織の形態把握を基盤にして、一細胞レベルでの各因子の発現相関、cell-cell間での各種遺伝子発現の相互関係、免疫応答因子等の微小環境について解析することでHGNECの新たな治療標的の同定や治療抵抗性の解明を目指す。
方法：【WGS】IlluminaによるWGS
【Xenium：High-performance in situ gene expression mapping】10xによる高性能 in situ 遺伝子発現マッピング
対象： 筑波大学で手術を行われた肺神経内分泌癌10症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000732 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2025/08/04 |
| JGAS000733 | Xenium In Situ Gene Expression | 制限公開（Type I） | 2025/08/04 |
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分子データ
| 対象 |
肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：10症例 凍結検体 腫瘍組織：10検体 非腫瘍組織：10検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Novaseq 6000] |
| ライブラリソース | 凍結検体の腫瘍組織ならびに非腫瘍組織より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Library Prep kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000865 |
| 総データ量 | 3.9 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺神経内分泌がん（ICD10：C34）：1症例 FFPE検体 腫瘍組織：1検体 |
| 規模 | Xenium In Situ Gene Expression |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 302遺伝子（Human Lung panel：202遺伝子, カスタム：100遺伝子） |
| Platform | 10x Genomics [Xenium] |
| ソース | FFPE検体 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（パネル、キット名、バージョンなど） | Xenium Slides & Sample Prep Reagents Xenium Decoding Reagents Xenium Decoding Consumables |
| 解析ソフトウェア（可視化ツールなど） | xenium-1.3.0.6 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000866 |
| 総データ量 | 11.8 GB（csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 松原 大祐
所 属 機 関： 筑波大学 診断病理学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業 | ロングリード技術による肺がんゲノム・エピゲノム不均一性と微小環境ストレスの関係性解明に関する研究開発 | JP24ama221522 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Clinicopathologic, Cellular, and Molecular Analyses of Pulmonary Neuroendocrine Carcinoma With High Expression of Hepatocyte Nuclear Factor 4 Alpha | doi:10.1016/j.labinv.2025.104210 | JGAD000865 JGAD000866 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
