NBDC Research ID: hum0454.v1
研究内容の概要
目的： Crohn病は原因不明の炎症性腸疾患であるが、リンパ管の異常やリンパ流の障害が病因に関連すると報告されている。一方、肉芽腫はCrohn病の組織学的特徴の一つであるが、肉芽腫がしばしばリンパ管内にみられ、リンパ管内の肉芽腫がCrohn病におけるリンパ流の障害の原因であるとの指摘もある。以上のようにCrohn病の病態を考える上で、リンパ管内の肉芽腫は重要な免疫学的構造物であるが、なぜリンパ管の中に存在し、どのような性質を持つかなどはほとんどわかっていない。本研究においては、リンパ管内およびリンパ管外のリンパ腫の性質を明らかにするとともに、リンパ管内およびリンパ管外肉芽腫とCrohn病における臨床病理学的な所見との関連性の有無の検証を行う。また生物学的製剤投与によるCrohn病における免疫応答の変化の解析も行う。
方法：Xenium解析（multi tissue panelの377分子＋カスタム50分子）
対象：Crohn病10症例およびコントロール6症例（潰瘍性大腸炎4症例、サイトメガロウィルス腸炎1症例、がん1症例）のホルマリン固定パラフィン包埋検体（FFPE）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000697 | Xenium In Situ Gene Expression | 制限公開（Type I） | 2024/12/16 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
Crohn病（ICD10：K509）：10症例 術前にステロイドや生物学的製剤などの強い治療を行っていない症例：8症例 TNFα阻害薬を投与している症例：2症例 潰瘍性大腸炎：4症例 サイトメガロウィルス腸炎：1症例 がん：1症例 |
| 規模 | Xenium In Situ Gene Expression |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 427遺伝子（multi tissue panel：377遺伝子、カスタム：50遺伝子） |
| Platform | 10x Genomics [Xenium Analyzer] |
| ソース | 手術摘出検体（FFPE） |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（パネル、キット名、バージョンなど） | Xenium Slides & Sample Prep Reagents Xenium Decoding Reagents Xenium Decoding Consumables |
| 解析ソフトウェア（可視化ツールなど） | xenium-1.7.1.0 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000830 |
| 総データ量 | 182.8 GB（csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 児玉 真
所 属 機 関： 東京山手メディカルセンター 病理診断科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 学術変革領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 22H04925 (PAGS) |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Tertiary lymphoid structure as a therapeutic target of Crohn’s disease: modulation by TNFα blockade | doi:10.1101/2024.11.23.625032 | JGAD000830 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
