研究内容の概要

目的： ヒト肺がん細胞における変異・欠失・増幅・過メチル化など、体細胞レベルで生じたゲノム異常と遺伝子発現変動を解析し、それらを臨床病理学的情報と対比し検討することで、肺がんの発生・進展の分子機構および特性を遺伝子レベルで明らかにすること。

方法： RNAシークエンス解析

対象： 肺腺がん362症例

URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genome_biology/index.html

データID	内容	制限	公開日
JGAS000756	NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2025/5/19

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分子データ


対象	肺腺がん（ICD10：C34.1、C34.2、C34.3）：362症例腫瘍組織：362検体非腫瘍組織：8検体
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500、Genome Analyzer IIx]
ライブラリソース	腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit mRNA-Seq Sample Prep Kit TruSeq RNA Sample Prep Kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	75bp、100bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000897
総データ量	2.0 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者：河野隆志

所属機関：国立がん研究センター研究所ゲノム生物学研究分野

プロジェクト/研究グループ名：-

URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genome_biology/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所保健医療分野における基礎研究推進事業	多層的疾患オミックス解析における、ゲノム情報に基づく創薬標的の網羅的探索を目指した研究	157974
厚生労働科学研究費補助金厚生科学基盤研究分野	ＲＥＴ融合遺伝子陽性の進行非小細胞肺癌に対する新規治療法の確立に関する研究	201409013B
科学研究費助成事業基盤研究（B）	肺発がんドライバー変異であるがん遺伝子融合の発生機構の解明	26293200

	タイトル	DOI	データID
1	KIF5B-RET fusions in lung adenocarcinoma	doi: 10.1038/nm.2644	JGAD000897
2	Development of lung adenocarcinomas with exclusive dependence on oncogene fusions	doi:10.1158/0008-5472.CAN-14-3282.	JGAD000897
3	Druggable Oncogene Fusions in Invasive Mucinous Lung Adenocarcinoma	doi:10.1158/1078-0432.CCR-14-0107	JGAD000897

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間