NBDC Research ID: hum0443.v1

 

研究内容の概要

目的:胎児は母体にとって異物である父親由来抗原を発現するが、妊娠中は母子間免疫寛容が成立しているため拒絶されない。一方で、妊娠中でも外来微生物に対する免疫応答は維持されている。母子境界領域での、免疫応答を抑制する制御性T細胞(Treg)と、炎症反応に寄与するCD4陽性T細胞・細胞障害性T細胞との適切なバランスが妊娠維持に重要である。しかし、母子境界面(脱落膜)における多様なCD4陽性細胞とTregの全体像ならびに、妊娠高血圧腎症(PE)における変化は明らかになっていない。そこで、脱落膜CD4陽性T細胞ならびにTregの単一細胞mRNA解析+T細胞受容体(TCR)解析を行い、正常妊娠におけるCD4陽性細胞とTregの多様性を明らかにするとともに、PEの病態関連分子を明らかにすることを目的とした。

方法:脱落膜・末梢血からリンパ球を分離し、セルソーターでCD4+T細胞を分取した。これらをBD Rhapsody Single-Cell Analysis Systemにロードし、targeted RNA sequece用ならびにTCRsequence用cDNAライブラリーを作製後、シークエンスを実施した。

対象:

targeted RNA-seq:正常妊娠初期脱落膜CD4+T細胞4例、正常妊娠後期脱落膜CD4+T細胞3例、妊娠高血圧腎症脱落膜CD4+T細胞3例、 正常妊娠後期末梢血CD4+T細胞1例(正常妊娠後期脱落膜1例と同じ対象由来)

TCR-seq:正常妊娠初期脱落膜2例、正常妊娠後期脱落膜1例、正常妊娠後期末梢血1例、妊娠高血圧腎症脱落膜1例

 

データID内容制限公開日

DRA017833

E-GEAD-674

NGS(Target RNA-seqTCR-seq 非制限公開 2024/05/10

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分子データ

Target RNA-seq

対象

正常妊娠:7名(初期4名、後期3名)

妊娠高血圧腎症(ICD10:O149):3症例

    正常妊娠初期脱落膜CD4+T細胞:4検体

    正常妊娠後期脱落膜CD4+T細胞:3検体

    妊娠高血圧腎症脱落膜CD4+T細胞:3検体

    正常妊娠後期末梢血CD4+T細胞:1検体

規模 Target RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合)

1) BD Rhapsody T Cell Expression Panel Hs (BD Biosciences Cat#633751)

2) Rhapsody Supplemental Gene Primer for IL10 and NRP1.

3) T cell receptor

Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 脱落膜・末梢血より分取したCD4+T細胞から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) BD RhapsodyTM Targeted mRNA and AbSeq Reagent Kit
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 平均 531 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA017833
Genomic Expression Archive ID E-GEAD-674
総データ量 95.1 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

TCR-seq

対象

正常妊娠:3名(初期2名、後期1名)

妊娠高血圧腎症(ICD10:O149):1症例

    正常妊娠初期脱落膜:2検体

    正常妊娠後期脱落膜:1検体

    正常妊娠後期末梢血:1検体

    妊娠高血圧腎症脱落膜:1検体

規模 TCR-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 脱落膜・末梢血より分取したCD4+T細胞から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) BD RhapsodyTM Targeted mRNA and AbSeq Reagent Kit
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) TCRα:平均 659 bp、TCRβ:平均 655 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA017833
Genomic Expression Archive ID E-GEAD-674
総データ量 95.1 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 中島 彰俊

所 属 機 関: 富山大学 学術研究部医学系 産科婦人科学教室

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 父親抗原特異的制御性T細胞と樹状細胞による母児免疫寛容誘導メカニズムの解明 17K11221
科学研究費助成事業 若手研究 T細胞受容体レパートリーの観点から見た妊娠と子宮悪性腫瘍の免疫学的相違 19K18690
科学研究費助成事業 若手研究 単一T細胞トランスクリプトーム解析による妊娠高血圧腎症治療のバイオマーカー探索 21K16764
科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)) 妊娠高血圧腎症の病態形成機構におけるCD4陽性細胞と絨毛細胞の細胞間相互作用の解明 22KK0287
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 妊娠高血圧腎症解明から見えた新規オートファジー抑制機構の解明,治療法の開発 19K09750
科学研究費助成事業 基盤研究(B) オートファジー機能低下による妊娠高血圧症候群~治療開発およびその起源の追究~ 22H03223
日本医療研究開発機構(AMED) 成育疾患克服等総合研究事業 不育症の原因解明、予防治療に関する研究 JP18gk0110018

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 CD4+ T cell heterogeneity in gestational age and preeclampsia using single-cell RNA sequencing doi: 10.3389/fimmu.2024.1401738

DRA017833

E-GEAD-674

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