NBDC Research ID: hum0435.v1
研究内容の概要
目的： 重症心不全に対する新しい治療法として細胞移植を中心とした再生医療が期待されている。本治療法では、ヒトiPS細胞を用いて質の高い心筋細胞を大量に作製し、心不全で失われた心筋細胞を補填することにより心機能の回復が期待されている。当研究室では、世界で初めてヒトiPS細胞から作製した心筋細胞を心筋梗塞モデルブタに移植し、病状が改善することを示した。しかしながら、iPS細胞の分化効率の不安定性およびiPS細胞移植後の造腫瘍性は未だ解決すべき課題である。そのため、安定的な心筋細胞分化誘導を目指し、iPS細胞の心筋細胞への分化誘導に関連する遺伝子群、およびDNAのメチル化の同定を試みる。さらに、ヒトiPS細胞から分化誘導した心筋細胞において腫瘍形成に関わる遺伝子を網羅的に解析し、移植前に移植用細胞の安全性を担保する為の腫瘍形成予測マーカーを開発することを目的とする。
方法： ヒトiPS細胞から心筋細胞を分化誘導し、single cell RNA-seq解析を実施した
対象： HLAホモ健常ドナー1名の末梢血細胞から樹立したヒトiPS細胞を分化誘導した心筋細胞
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000665 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/03/18 |
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分子データ
| 対象 | HLAホモ健常ドナー1名の末梢血細胞から樹立されたヒトiPS細胞を分化誘導した心筋細胞：1検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 3000] |
| ライブラリソース | iPS細胞から分化誘導した心筋細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nextera XT DNA sample preparation Kit |
| 断片化の方法 | Nextera XT DNA sample preparation Kit |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| マッピング方法 | STAR（mappa/hanta pipeline） |
| リファレンス配列 | hg38 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Subread（mappa/hanta pipeline） |
| フィルタリング（QC）方法 | Cutadapt（mappa/hanta pipeline） |
| 遺伝子数 | 58736 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000795 |
| 総データ量 | 5.7 GB（fastq、text） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：宮川 繁
所 属 機 関：大阪大学大学院医学系研究科 心臓血管外科学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 再生医療実現拠点ネットワークプログラム | iPS細胞を用いた心筋再生治療創成拠点 | JP20bm0204003 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Pre-clinical evaluation of the efficacy and safety of human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocyte patch | doi: 10.1186/s13287-024-03690-8 | JGAD000795 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
