NBDC Research ID: hum0429.v1
研究内容の概要
目的： KRAS G12C阻害剤は、KRAS G12C変異を保有する非小細胞肺がん（NSCLC）およびその他の固形悪性腫瘍患者において臨床活性を示すものの、複数の耐性機序によって奏効が制限される。KRAS G12C阻害剤（JDQ443）は、SHP2阻害剤（TNO155）と併用することで抗腫瘍活性が増強されことが示唆されているが、この併用療法は現在臨床評価中である。ある種の耐性を克服または予防する合理的な薬剤併用戦略を立てるために、KRAS G12C変異を保有するNSCLC株由来の異種移植モデル（Xenograftマウス）の腫瘍細胞において、JDQ443±TNO155の投与またはPI3Kα阻害剤（アルペリシブ）および／またはCDK4/6阻害剤（リボシクリブ）との併用投与に対する腫瘍の奏効期間を評価し、KRAS G12C/SHP2併用阻害に対する奏効消失に関連する遺伝的機序を検討した。
方法： Low-pass whole-genome sequencing（lp-WGS）、RNA-seq
対象： ヒト肺非小細胞がん細胞株（LU99）を移植し、樹立したXenograftマウスの腫瘍組織に対して薬剤の組み合わせによる処理を施した細胞
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000643 | NGS（WGS、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/11/13 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
ヒト肺がん（ICD10：C349）細胞株LU99を移植したマウスの腫瘍組織：計16検体 Xenograftマウスの腫瘍細胞に対して、薬剤（JDQ443＋TNO155＋alpelisib＋ribociclib）もしくは溶媒（対照）を投与し、3時間後および24時間後に採取した細胞：各4検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | https://cellbank.brc.riken.jp/cell_bank/CellInfo/?cellNo=RCB1900 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra II DNA PCR-free Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 51 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000773 |
| 総データ量 | 85.9 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ヒト肺がん（ICD10：C349）細胞株LU99を移植したマウスの腫瘍組織：計16検体 Xenograftマウスの腫瘍細胞に対して、薬剤（JDQ443＋TNO155＋alpelisib＋ribociclib）もしくは溶媒（対照）を投与し、3時間後および24時間後に採取した細胞：各4検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | https://cellbank.brc.riken.jp/cell_bank/CellInfo/?cellNo=RCB1900 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000773 |
| 総データ量 | 85.9 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： Saskia Brachmann
所 属 機 関： Novartis Institutes for BioMedical Research
プロジェクト/研究グループ名： Oncology
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | CRISPR screening identifies mechanisms of resistance to KRASG12C and SHP2 inhibitor combinations in non-small cell lung cancer | doi: 10.1158/0008-5472.CAN-23-1127 | JGAD000773 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
