NBDC Research ID: hum0427.v2
研究内容の概要
目的:
頭頸部領域悪性腫瘍の発生部位は、咽頭、喉頭、口腔、鼻・副鼻腔、唾液腺、甲状腺、側頭骨等と多岐にわたり、それぞれの発生部位により分子生物学的特徴が異なる。そのため、それぞれの腫瘍の分子生物学的特性に合わせたテーラーメイドの治療の確立が必要である。しかしながら、多くの研究者が細胞バンクの細胞株を利用しているが、細胞バンクから入手可能な頭頚部悪性腫瘍の細胞株は部位、組織型ともに限られており、特に希少がんの細胞株入手は困難である。本研究では、①頭頸部悪性腫瘍組織および患者由来血液の網羅的遺伝子解析を行い、そのデータベースを構築すること、②頭頸部悪性腫瘍の細胞株を樹立後免疫不全動物へ移植し、生着・増殖の可否を検討すること、③樹立した細胞株を細胞バンクへ寄託・譲渡し、多くの研究者が利用可能にすることで、頭頚部悪性腫瘍、特に希少がんについて病態の解明や治療法確立に向けての研究を推進すること、を目的とする。各々の遺伝子解析で得られた知見を多角的に検討することにより、頭頸部悪性腫瘍特異的に関与するがん関連遺伝子や発生母地特異的にみられる遺伝子変異の検索を行うことで、がん関連遺伝子発現もしくは遺伝子変異と予後との相関を明らかにすることにより、頭頸部悪性腫瘍の発がんや進展のメカニズムの解明や、再発・転移予測マーカーの同定、新規分子標的治療の確立を目指す。
方法:
- 外耳道扁平上皮がん症例の末梢血単核細胞、原発腫瘍組織、原発巣腫瘍組織から樹立した細胞株、それぞれから抽出したDNAを用いた全エクソーム解析
- 側頭骨扁平上皮がん症例の原発巣腫瘍組織、正常皮膚組織それぞれから抽出したDNAを対象とするH3K27AcおよびYAP抗体を用いたChIP-seq解析
対象:
- 外耳道扁平上皮がん患者1名から採取した末梢血単核細胞、腫瘍原発巣組織、および腫瘍原発巣組織から樹立した細胞株。細胞株は細胞株(SCEACono2)として理化学研究所バイオリソース研究センターに寄託済(https://cellbank.brc.riken.jp/cell_bank/CellInfo/?cellNo=RCB5515&lang=En)。
- 側頭骨扁平上皮がん5症例の原発巣腫瘍組織ならびに正常皮膚組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000645 | NGS(Exome) | 制限公開(Type I) | 2023/11/02 |
| JGAS000645(データ追加) | NGS(ChIP-seq) | 制限公開(Type I) | 2026/06/16 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
外耳道扁平上皮がん(ICD10:C44.2):1症例(3検体) 非腫瘍組織(末梢血単核細胞)、腫瘍原発巣組織、腫瘍原発巣組織から樹立した細胞株:各1検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域(Target Captureの場合) | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織、ならびに細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報(購入の場合) | - |
| ライブラリ作製方法(キット名) | SureSelect Human All Exon V6 Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000775 |
| 総データ量 | 29.6 GB (fastq) |
| コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
| 対象 |
側頭骨扁平上皮がん(ICD10:C44.2):5症例 【H3K27Ac抗体による免疫沈降】 腫瘍組織(原発巣腫瘍組織):5検体 非腫瘍組織(正常皮膚組織):2検体 【YAP抗体による免疫沈降】 腫瘍組織:2検体 非腫瘍組織:2検体 全ての患者由来のサンプルを混合したPooled Input DNA:1検体 |
| 規模 | ChiP-seq |
| 対象領域(Target Captureの場合) | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNAに対し、H3K27Ac抗体もしくはYAP抗体で免疫沈降 |
| 検体情報(購入の場合) | - |
| ライブラリ作製方法(キット名) | DNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000775 |
| 総データ量 | 25.0 GB (fastq) |
| コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 中川 尚志
所 属 機 関: 九州大学大学院医学研究院 耳鼻咽喉科学分野
プロジェクト/研究グループ名: -
科研費/助成金(Research Project Number):
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究(B) | 側頭骨扁平上皮癌の網羅的組織解析に基づく新規統合的治療戦略の開発 | 18H02951 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究(B) | 側頭骨扁平上皮癌の悪性度を決定するエピジェネティックな腫瘍制御機構の解明 | 22H03236 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究(C) | 側頭骨扁平上皮癌におけるNLRP3インフラマゾーム機構を介した転移制御機構の解明 | 22K09745 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 頭頸部扁平上皮癌の浸潤・転移に関わる転写リプログラミング機構の解明 | 20K18300 |
| 一般財団法人 曽田豊二記念財団 研究助成金 | マルチオミクス解析による外耳道扁平上皮癌の進展に寄与する転写制御機構の解明 | - |
| 公益財団法人 武田科学振興財団 医学系研究助成 | 頭頸部扁平上皮癌の浸潤及び転移に寄与するYAP1を介した転写リプログラミング機構の解明 | - |
| 公益財団法人新日本先進医療研究財団 研究助成金 | 多層オミックス解析による頭頸部がんの進展に関わる転写リプログラミング機構の解明 | - |
| 公益財団法人SGH財団 第33回SGHがん研究助成 | 頭頸部扁平上⽪癌の浸潤及び転移に寄与する転写リプログラミング機構の解明 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Establishment and characterization of a primary cell culture derived from external auditory canal squamous cell carcinoma | doi: 10.1002/2211-5463.13225 | JGAD000775 |
| 2 | Aberrant Hippo-YAP/TEAD Signaling Drives Malignant Transcriptional Reprogramming in External Auditory Canal Squamous Cell Carcinoma | doi: 10.1158/2767-9764.CRC-25-0626 | JGAD000775 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|