NBDC Research ID: hum0427.v1
研究内容の概要
目的： 悪性腫瘍の研究において、多くの研究者が細胞バンクの細胞株を利用しているが、細胞バンクから入手可能な頭頚部悪性腫瘍の細胞株は部位、組織型ともに限られており、特に希少がんの細胞株入手は困難である。本研究では、頭頸部悪性腫瘍の細胞株を樹立後免疫不全動物へ移植し、生着・増殖の可否を検討する。また、樹立した細胞株は細胞バンクへ寄託・譲渡し、多くの研究者が利用可能なものとすることで、頭頚部悪性腫瘍、特に希少がんについて病態の解明や治療法確立に向けての研究を推進することを目的とする。
方法： 末梢血単核細胞、原発腫瘍組織、原発巣腫瘍組織から樹立した細胞株、それぞれから抽出したDNAを用いた全エクソーム配列決定
対象： 外耳道扁平上皮がん患者1名から採取した末梢血単核細胞、腫瘍原発巣組織、および腫瘍原発巣組織から樹立した細胞株（計3検体）。細胞株は細胞株（SCEACono2）として理化学研究所バイオリソース研究センターに寄託済（https://cellbank.brc.riken.jp/cell_bank/CellInfo/?cellNo=RCB5515&lang=En）。
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000645 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2023/11/02 |
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分子データ
| 対象 |
外耳道扁平上皮がん（ICD10：C44.2）：1症例（3検体） 非腫瘍組織（末梢血単核細胞）、腫瘍原発巣組織、腫瘍原発巣組織から樹立した細胞株：各1検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織、ならびに細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000775 |
| 総データ量 | 29.6 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 尚志
所 属 機 関： 九州大学大学院医学研究院 耳鼻咽喉科学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 側頭骨扁平上皮癌の網羅的組織解析に基づく新規統合的治療戦略の開発 | 18H02951 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 側頭骨扁平上皮癌の悪性度を決定するエピジェネティックな腫瘍制御機構の解明 | 22H03236 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Establishment and characterization of a primary cell culture derived from external auditory canal squamous cell carcinoma | doi: 10.1002/2211-5463.13225 | JGAD000775 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
